226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3153 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 298 aa  601  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  60.57 
 
 		 291 aa  318  9e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  54.62 
 
 		 292 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  53.99 
 
 		 292 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  53.99 
 
 		 292 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  52.59 
 
 		 292 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  53.01 
 
 		 292 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  52.9 
 
 		 292 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  51.11 
 
 		 292 aa  276  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  53.99 
 
 		 299 aa  263  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  53.61 
 
 		 299 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  52.85 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  53.65 
 
 		 278 aa  259  4e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  54.02 
 
 		 294 aa  258  8e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  52.27 
 
 		 298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  53.41 
 
 		 294 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  47.51 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  47.12 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  39.21 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  37.02 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  42.05 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  36.43 
 
 		 269 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  39.05 
 
 		 281 aa  127  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  44.16 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  40.55 
 
 		 276 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  34.25 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  42.46 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  38.25 
 
 		 300 aa  114  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  38.28 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  33.94 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  42.25 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  42.4 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  30.47 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  41.78 
 
 		 296 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  38.62 
 
 		 379 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  40.44 
 
 		 285 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  38.8 
 
 		 276 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  34.92 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  38.35 
 
 		 302 aa  95.9  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  35.06 
 
 		 345 aa  95.5  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  37.86 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  34.43 
 
 		 313 aa  92.4  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  30.36 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  38.12 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  34.7 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  32.83 
 
 		 288 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  31.25 
 
 		 317 aa  86.7  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  33.48 
 
 		 294 aa  85.9  8e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  35.29 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  32.6 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.69 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  30.8 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  32.13 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  34.95 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  33.67 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 331 aa  78.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.68 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  35.36 
 
 		 330 aa  77.4  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  30.34 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  35.29 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  35.29 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  36.36 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  31.08 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.4 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  34.52 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  28.16 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.05 
 
 		 339 aa  72  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  30.41 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.59 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  29.65 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  28.85 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  30.68 
 
 		 273 aa  70.5  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  31.63 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  29.58 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  28.76 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  32.82 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  29.56 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  28.27 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  27.59 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  33.52 
 
 		 288 aa  67.8  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.8 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.98 
 
 		 332 aa  67  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  26.48 
 
 		 311 aa  66.6  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  28.4 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  29.76 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  30.71 
 
 		 326 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  34.66 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  31.15 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  32.2 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.83 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.36 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  27.65 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  25.35 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.11 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.4 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0058  squalene/phytoene synthase  26.11 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  30.14 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>