165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2966 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  100 
 
 		 292 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  75.34 
 
 		 292 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  74.66 
 
 		 292 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  73.63 
 
 		 292 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  71.97 
 
 		 292 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  71.23 
 
 		 292 aa  409  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  69.18 
 
 		 292 aa  403  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  55.91 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  52.33 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  54.48 
 
 		 291 aa  280  1e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  59.3 
 
 		 294 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  56.62 
 
 		 294 aa  278  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  52.9 
 
 		 298 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  54.26 
 
 		 299 aa  275  4e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  54.26 
 
 		 299 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  47.81 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  45.56 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  41.54 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  38.08 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  37.59 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  40.79 
 
 		 281 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  34.68 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  39.38 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  36.15 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  33.21 
 
 		 291 aa  105  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  40.36 
 
 		 269 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  33.83 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  37.02 
 
 		 302 aa  99.8  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  39.55 
 
 		 282 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  39.31 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  34.4 
 
 		 345 aa  99.8  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  29.67 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  29.48 
 
 		 323 aa  98.2  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  37.8 
 
 		 379 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  33.74 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  36.32 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  38.64 
 
 		 276 aa  93.6  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  40.31 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.56 
 
 		 321 aa  89.4  6e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  37.44 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35.65 
 
 		 357 aa  87.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  35.71 
 
 		 276 aa  85.9  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.67 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  35.16 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  37.43 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  30.99 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  39.63 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  39.63 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  32.29 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  35.33 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  34.13 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  28.95 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  32.16 
 
 		 325 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  33.16 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  29.53 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  32.04 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.64 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  33.33 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  29.89 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  27.43 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  28.9 
 
 		 505 aa  64.7  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  29.32 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  27.03 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  29.67 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.81 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  32.04 
 
 		 287 aa  62.4  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  27.37 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  29.1 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  28.37 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  30.11 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  31.11 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  28.11 
 
 		 316 aa  58.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  27.81 
 
 		 273 aa  58.5  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  27.72 
 
 		 326 aa  58.9  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  24.52 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  27.32 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.41 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  29.7 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  28.49 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  26.59 
 
 		 277 aa  57  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  24.57 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  27.69 
 
 		 313 aa  57  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.81 
 
 		 310 aa  56.2  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  27.32 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  26.7 
 
 		 331 aa  55.8  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 364 aa  55.8  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  30.35 
 
 		 351 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  31.89 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  31.89 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  31.89 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  28.72 
 
 		 310 aa  54.3  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  28.43 
 
 		 302 aa  54.7  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  25.15 
 
 		 280 aa  55.1  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  28.21 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.8 
 
 		 302 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  28.21 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  28 
 
 		 299 aa  53.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  28.04 
 
 		 302 aa  53.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  24.42 
 
 		 278 aa  52.8  0.000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>