229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6668 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 302 aa  592  1e-168  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  50 
 
 		 300 aa  244  9e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  48.91 
 
 		 379 aa  239  5e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  47.49 
 
 		 357 aa  231  8.000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  48.85 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  39.92 
 
 		 291 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  38.78 
 
 		 281 aa  157  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  41.59 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  36.25 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  33.46 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  36.44 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  31.54 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  37.79 
 
 		 282 aa  132  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  37.02 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  35.34 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  35.22 
 
 		 288 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  39.68 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  39.48 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  33.85 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  33.47 
 
 		 297 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  34.14 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  37.38 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  36.45 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  37.21 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  30.32 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  37.23 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  36.8 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  39.61 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  35.98 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  35.2 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  36.45 
 
 		 292 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  38.68 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  38.65 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.49 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  34.35 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  37.16 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  33.47 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  37.44 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  37.02 
 
 		 292 aa  99.8  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  37.99 
 
 		 287 aa  99.8  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  32.27 
 
 		 337 aa  99.4  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  34.07 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  35.19 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  35.02 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  31.42 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  38.35 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  37.91 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.66 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  39.77 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  34.25 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  36.67 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  35.55 
 
 		 278 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  35.02 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.6 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  35.96 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 276 aa  90.1  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  29.53 
 
 		 313 aa  89.4  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  30.88 
 
 		 293 aa  89.4  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  26.06 
 
 		 293 aa  89.4  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  33.15 
 
 		 289 aa  89  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  27.4 
 
 		 280 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  30.8 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  29.55 
 
 		 332 aa  87  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  30.89 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  25.99 
 
 		 279 aa  85.1  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  26.1 
 
 		 278 aa  85.5  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  33.5 
 
 		 338 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  26.85 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  33.67 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.99 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  25.4 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  26.02 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  29.37 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.37 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  28.14 
 
 		 279 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  33.17 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  30.43 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.79 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  26.56 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.57 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  32.75 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  25.37 
 
 		 268 aa  80.5  0.00000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  27.01 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27.8 
 
 		 286 aa  79.7  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  30.45 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  25.3 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  29.55 
 
 		 333 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  26.46 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  34.78 
 
 		 364 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.41 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  26.46 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.81 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  32.98 
 
 		 321 aa  74.7  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  26.4 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  22.92 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  29.82 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  28.19 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  32.18 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>