260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1696 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  100 
 
 		 281 aa  566  1e-160  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  61.6 
 
 		 291 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  55.43 
 
 		 269 aa  293  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  55.97 
 
 		 282 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  54.62 
 
 		 299 aa  255  6e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  52.75 
 
 		 345 aa  249  3e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  53.79 
 
 		 292 aa  245  6e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  50 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  48.88 
 
 		 297 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  50.55 
 
 		 309 aa  227  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  48.81 
 
 		 294 aa  224  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  46.27 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  48.16 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  48.53 
 
 		 296 aa  221  9e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  46.27 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  50.61 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  43.06 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  45.02 
 
 		 285 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  41.44 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  38.87 
 
 		 293 aa  183  4.0000000000000006e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  43.84 
 
 		 276 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  40.08 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  42.86 
 
 		 379 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  41.88 
 
 		 300 aa  158  8e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  38.78 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  35.53 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  38.1 
 
 		 357 aa  151  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  38.28 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  39.27 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  39.29 
 
 		 292 aa  139  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  41.2 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  36.12 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  40.66 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  39 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  39 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  38.27 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  37.95 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  38.56 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  38.17 
 
 		 292 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  40.79 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  37.05 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  37.05 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  39.05 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  38.27 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  40.43 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  40 
 
 		 278 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  37.05 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  40.68 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  30.8 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  35.9 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  26.52 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  33.98 
 
 		 337 aa  106  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  38.73 
 
 		 288 aa  105  6e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  30.88 
 
 		 313 aa  102  5e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  31.97 
 
 		 337 aa  102  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  31.16 
 
 		 277 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.24 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.21 
 
 		 313 aa  99.8  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  29.39 
 
 		 304 aa  99.4  5e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  33.16 
 
 		 302 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  29.86 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  32.74 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.3 
 
 		 293 aa  96.3  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.74 
 
 		 317 aa  96.3  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  24.72 
 
 		 311 aa  96.3  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  29.2 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  29.03 
 
 		 302 aa  95.9  6e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  27.27 
 
 		 302 aa  95.5  8e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  33.51 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.84 
 
 		 321 aa  94.4  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  30.94 
 
 		 312 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  27.27 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  29.3 
 
 		 280 aa  94  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  27.73 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  36.14 
 
 		 338 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  31.35 
 
 		 333 aa  93.2  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.84 
 
 		 281 aa  93.2  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 326 aa  92.8  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.52 
 
 		 321 aa  92.4  6e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.29 
 
 		 279 aa  92.4  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  28.29 
 
 		 279 aa  92  9e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3404  Phytoene synthase  35.68 
 
 		 276 aa  91.7  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.295387  normal  0.128424 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  27.38 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.05 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.68 
 
 		 280 aa  90.5  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  31.1 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  29.17 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  29.55 
 
 		 310 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  30.5 
 
 		 293 aa  90.1  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  29.55 
 
 		 310 aa  90.1  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  32.18 
 
 		 288 aa  90.5  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  24.24 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  26.22 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  31.63 
 
 		 285 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  34.55 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  34.55 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  34.55 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  27.57 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.07 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>