195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2685 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 292 aa  598  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  90.41 
 
 		 292 aa  534  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  76.47 
 
 		 292 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  74.66 
 
 		 292 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  74.05 
 
 		 292 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  71.23 
 
 		 292 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  71.23 
 
 		 292 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  54.11 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  51.42 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  50.17 
 
 		 299 aa  290  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  49.83 
 
 		 299 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  57.75 
 
 		 294 aa  289  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  51.97 
 
 		 291 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  51.11 
 
 		 298 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  56.2 
 
 		 294 aa  276  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  43.56 
 
 		 278 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  43.24 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  45.31 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  37.09 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  36.12 
 
 		 299 aa  139  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  39.29 
 
 		 281 aa  138  8.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  36.89 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  34.54 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  34.18 
 
 		 291 aa  122  8e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  37.04 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  32.23 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  34.11 
 
 		 345 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 269 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  32.88 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  35.68 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  34.62 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  36.45 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  29.44 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  35.89 
 
 		 379 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  35.29 
 
 		 294 aa  102  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  36.74 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  31.14 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  32.86 
 
 		 357 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  32.16 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  35.71 
 
 		 294 aa  93.6  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  34 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  34.76 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  34.76 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  30.91 
 
 		 321 aa  87  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  35.71 
 
 		 276 aa  86.3  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  29.64 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.66 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  34.13 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  31.88 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  30.58 
 
 		 300 aa  76.6  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  28.9 
 
 		 313 aa  73.9  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  30.35 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  29 
 
 		 309 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  30.41 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  30.46 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  26.69 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  28.64 
 
 		 317 aa  68.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  29.77 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  30.65 
 
 		 288 aa  68.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  29.91 
 
 		 287 aa  67.4  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  27.91 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.77 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  28.82 
 
 		 310 aa  67  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.06 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  25.35 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  26.47 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  23.46 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  26.57 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  28.64 
 
 		 324 aa  63.9  0.000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  25.74 
 
 		 324 aa  63.5  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  30.9 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  30.39 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  28.72 
 
 		 326 aa  62.4  0.000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  26.34 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  27.23 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  25.68 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  25.83 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  24.07 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  25.93 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  26.9 
 
 		 273 aa  59.7  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  24.88 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  25.85 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  31.72 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  31.72 
 
 		 316 aa  59.3  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  31.72 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  25.99 
 
 		 280 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  30.56 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  27.8 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  27.66 
 
 		 279 aa  57.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  25.89 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  31.76 
 
 		 687 aa  56.6  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  25.77 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  28.65 
 
 		 364 aa  56.6  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  25.12 
 
 		 337 aa  56.2  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  22.66 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  28.99 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>