211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1550 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 294 aa  597  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  60.07 
 
 		 285 aa  320  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  61.15 
 
 		 294 aa  316  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  60.54 
 
 		 296 aa  311  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  59.52 
 
 		 296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  56.52 
 
 		 345 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  59.29 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  57.59 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  59.86 
 
 		 309 aa  285  7e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  60.71 
 
 		 276 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  55.63 
 
 		 276 aa  256  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  51.41 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  44.64 
 
 		 269 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  43.06 
 
 		 281 aa  205  6e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  44.44 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  41.16 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  40.52 
 
 		 288 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  40.79 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  39.29 
 
 		 288 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  36.59 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  39.31 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  35.97 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  35.64 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  36.26 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  36.84 
 
 		 379 aa  130  3e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35.77 
 
 		 357 aa  127  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  33.33 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  34.35 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  35.57 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  40.11 
 
 		 291 aa  101  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  35.61 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  35.41 
 
 		 294 aa  99  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  36.32 
 
 		 294 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  31.76 
 
 		 292 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  35.2 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  37.02 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  36.32 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  31.14 
 
 		 299 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  35.67 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  35.67 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  37.87 
 
 		 278 aa  90.9  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  34.7 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  29.2 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  32.54 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  29.67 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  28.06 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  30.08 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  30.49 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  29.72 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  34.38 
 
 		 292 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.04 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  23.11 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  29.52 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  26.13 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  23.97 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 332 aa  78.6  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  31.11 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  29.22 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  32.63 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  22.85 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  32.65 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  23.81 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1320  undecaprenyl diphosphate synthase  30.41 
 
 		 564 aa  73.9  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  29.65 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  30.27 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  24 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  22.85 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  32.41 
 
 		 354 aa  72.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  28.79 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  28.08 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  27.75 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  26.3 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  22.9 
 
 		 309 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.46 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  27.59 
 
 		 278 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  28.86 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  26.91 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  31.77 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  26.92 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  25.25 
 
 		 277 aa  68.9  0.00000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  29.84 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  29.61 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  28.71 
 
 		 575 aa  68.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  29.66 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  29.66 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  33.15 
 
 		 364 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  26.67 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2102  putative phytoene synthase  30.81 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1491  squalene/phytoene synthase  30.81 
 
 		 275 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116412  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1131  putative phytoene synthase  30.81 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0886071  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1411  putative phytoene synthase  30.81 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.590662  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3277  squalene/phytoene synthase family protein  30.81 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.173331  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3163  squalene/phytoene synthase family protein  30.81 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.395921  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  26.8 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  29.1 
 
 		 316 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  31.03 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  31.03 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  31.28 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>