239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1288 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  100 
 
 		 276 aa  545  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  64.71 
 
 		 296 aa  342  5e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  66.42 
 
 		 296 aa  332  3e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  66.79 
 
 		 296 aa  333  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  63.47 
 
 		 297 aa  332  4e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  64.86 
 
 		 276 aa  327  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  61.31 
 
 		 285 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  62.04 
 
 		 345 aa  315  3e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  63.57 
 
 		 294 aa  313  2.9999999999999996e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  66.54 
 
 		 309 aa  308  8e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  60.71 
 
 		 294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  54.48 
 
 		 282 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  50.37 
 
 		 269 aa  261  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  49.04 
 
 		 281 aa  228  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  43.49 
 
 		 291 aa  223  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  45.22 
 
 		 288 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  44.49 
 
 		 288 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  44.69 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  47.71 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  42.22 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  36.43 
 
 		 323 aa  162  4.0000000000000004e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  34.93 
 
 		 293 aa  151  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  36.4 
 
 		 357 aa  136  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  34.91 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  37.2 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  37.7 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  41.94 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  39.91 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  39.45 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  39.45 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  32.94 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  34.35 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  39.8 
 
 		 294 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  40.34 
 
 		 297 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  40.59 
 
 		 291 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  36.74 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  36.02 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  37.27 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  42.31 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  41.01 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  38.46 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  29.89 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  33.46 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  29.82 
 
 		 310 aa  99.8  4e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  36.55 
 
 		 278 aa  99  7e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  35.58 
 
 		 287 aa  99  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  33.9 
 
 		 316 aa  98.6  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  33.9 
 
 		 316 aa  98.6  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  38.76 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  33.56 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  35.12 
 
 		 292 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  28.04 
 
 		 285 aa  95.1  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  30.59 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 288 aa  92  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  35.71 
 
 		 282 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  31.58 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  33.89 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 278 aa  87.4  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  30.53 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  34.27 
 
 		 283 aa  86.3  5e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  30.86 
 
 		 314 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.35 
 
 		 281 aa  85.5  9e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  31.46 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  26.94 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  34.81 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1944  squalene/phytoene synthase  29.48 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.134668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  28.29 
 
 		 277 aa  83.2  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  31.67 
 
 		 333 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  26.32 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6349  squalene synthase HpnD  34.46 
 
 		 284 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00743094  normal  0.0909411 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1371  squalene/phytoene synthase  28.79 
 
 		 302 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.157684  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  28.05 
 
 		 321 aa  82.4  0.000000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  32.45 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  28.62 
 
 		 279 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  28.4 
 
 		 277 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4953  squalene/phytoene synthase  35.67 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.251638  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  31.32 
 
 		 338 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  31.82 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  31.82 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.04 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  22.52 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  31.25 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1042  squalene/phytoene synthase  26.14 
 
 		 286 aa  79  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.100807  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  34.95 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  32.39 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  26.04 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  27.65 
 
 		 280 aa  79  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  28.09 
 
 		 332 aa  79  0.00000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  22.92 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.16 
 
 		 294 aa  78.2  0.0000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  33.87 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  27.44 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  34.09 
 
 		 279 aa  77  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  30.57 
 
 		 575 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  25.28 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  33.16 
 
 		 361 aa  75.5  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  31.08 
 
 		 279 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>