207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3240 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 291 aa  585  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  60.57 
 
 		 298 aa  318  7.999999999999999e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  52.38 
 
 		 292 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  52.45 
 
 		 292 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  52.45 
 
 		 292 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  53.68 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  52.81 
 
 		 292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  54.48 
 
 		 292 aa  280  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  51.7 
 
 		 292 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  52.58 
 
 		 294 aa  264  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  50.18 
 
 		 299 aa  259  4e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  52.67 
 
 		 298 aa  258  9e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  49.66 
 
 		 299 aa  257  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  49.32 
 
 		 299 aa  258  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  54.96 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  46.13 
 
 		 278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  44.49 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  46.39 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  39.27 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  38.11 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  39.66 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  37.07 
 
 		 269 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  37.5 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  44.77 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  44.25 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  43.1 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  38.16 
 
 		 345 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  35.79 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  37.66 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  38.86 
 
 		 307 aa  106  5e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  40.11 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  30.25 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  38.21 
 
 		 294 aa  99.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  31.84 
 
 		 291 aa  99.4  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  35.89 
 
 		 379 aa  99  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  34.07 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  31.94 
 
 		 293 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  40 
 
 		 276 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  35.19 
 
 		 357 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  41.25 
 
 		 285 aa  96.3  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  38.84 
 
 		 296 aa  95.9  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  38.43 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  39.05 
 
 		 276 aa  91.3  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  38.92 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  33.48 
 
 		 310 aa  89.4  6e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  32.88 
 
 		 288 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  33.18 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  33.16 
 
 		 313 aa  81.6  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  27.78 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  34.04 
 
 		 302 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 310 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  29.25 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  30.29 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.67 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  31.68 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  28.45 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  32.63 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  31.11 
 
 		 280 aa  70.1  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  26.51 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  34.58 
 
 		 325 aa  69.3  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  34.4 
 
 		 330 aa  67.8  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  29.58 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  33.51 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  28.14 
 
 		 311 aa  67  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  30.49 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  31.88 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.77 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  29.05 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  27.93 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  28.44 
 
 		 277 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  26.83 
 
 		 277 aa  65.5  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  27.69 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  34.86 
 
 		 288 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  33.01 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.24 
 
 		 303 aa  63.9  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  31.43 
 
 		 337 aa  63.2  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  31.87 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  30.5 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  30 
 
 		 302 aa  63.2  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  33.17 
 
 		 355 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  33.17 
 
 		 355 aa  62.4  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.77 
 
 		 279 aa  62  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.77 
 
 		 279 aa  62.4  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  27.62 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  24.17 
 
 		 309 aa  59.7  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  30 
 
 		 364 aa  60.1  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  27.31 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.43 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  26.73 
 
 		 302 aa  59.3  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  27.17 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  26.72 
 
 		 302 aa  59.3  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  24.51 
 
 		 324 aa  58.9  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  26.72 
 
 		 302 aa  58.9  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  26.84 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  27.62 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.34 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  32.24 
 
 		 337 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  30 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  27.54 
 
 		 277 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>