238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_1075 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009440  Msed_1075  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 283 aa  578  1e-164  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  68.59 
 
 		 277 aa  418  1e-116  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  49.82 
 
 		 274 aa  261  8e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  36.65 
 
 		 279 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  36.86 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  31.58 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  35.02 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  33.08 
 
 		 318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  32.82 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  31.8 
 
 		 331 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  33.88 
 
 		 293 aa  112  8.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 324 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  33.21 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  32.77 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  31.34 
 
 		 339 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  29.7 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  33.07 
 
 		 326 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  32.8 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  31.91 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.21 
 
 		 324 aa  103  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  30.9 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  35.39 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  36.93 
 
 		 321 aa  98.2  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  29.88 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  37.43 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  37.43 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  33.64 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  37.43 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  30.57 
 
 		 303 aa  96.7  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  27.69 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  33.64 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.45 
 
 		 325 aa  95.5  9e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  30.74 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  25.89 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  35.96 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.95 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  27.76 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  34.55 
 
 		 315 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12760  phytoene/squalene synthetase  28.89 
 
 		 297 aa  89.7  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.614964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  31.55 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  28.36 
 
 		 342 aa  87.8  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  27.53 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  33.33 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  26.69 
 
 		 310 aa  87  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  27.8 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  32.41 
 
 		 310 aa  86.7  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0058  squalene/phytoene synthase  31.15 
 
 		 279 aa  86.7  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  32.21 
 
 		 280 aa  86.3  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.1 
 
 		 280 aa  85.5  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21230  phytoene/squalene synthetase  32.98 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.03 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.18 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  26.42 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  28.83 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  25.68 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  31.5 
 
 		 280 aa  85.1  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  30.88 
 
 		 277 aa  84  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.03 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  27.8 
 
 		 333 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2092  Phytoene synthase  32.39 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.784236  normal  0.0129456 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  27.42 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  28.38 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  27.13 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2036  phytoene synthase  30.65 
 
 		 278 aa  82.8  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.210568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.93 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2892  Squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0910578 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1464  Squalene/phytoene synthase  27.2 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  31.84 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  28.74 
 
 		 268 aa  81.6  0.00000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.72 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0472  Squalene/phytoene synthase  34.12 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2544  Squalene/phytoene synthase  28.34 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.11325  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  31.14 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2244  Phytoene synthase  29.31 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5619  Squalene/phytoene synthase  30.56 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  27.44 
 
 		 304 aa  79  0.00000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2031  Squalene/phytoene synthase  29.41 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01621  squalene and phytoene synthase  25.29 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  26.83 
 
 		 338 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  28.8 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.41 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01601  squalene and phytoene synthase  25.29 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.37181  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  26.42 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  27.46 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  28.51 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  25.61 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0341  Squalene/phytoene synthase  26.27 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  26.29 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  24.7 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  24.9 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  28.12 
 
 		 353 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  31.31 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  28.81 
 
 		 355 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  29.8 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  31.28 
 
 		 352 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  26.15 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  29.8 
 
 		 279 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  29.32 
 
 		 348 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  31.11 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  26.02 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>