150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2544 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2544  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 307 aa  615  1e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.11325  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04440  phytoene/squalene synthetase  56.93 
 
 		 298 aa  251  7e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12760  phytoene/squalene synthetase  54.11 
 
 		 297 aa  246  2e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.614964 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2892  Squalene/phytoene synthase  50.93 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0910578 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13840  phytoene/squalene synthetase  51.25 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000498285  normal  0.916013 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21230  phytoene/squalene synthetase  49.29 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0341  Squalene/phytoene synthase  47.92 
 
 		 312 aa  201  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0472  Squalene/phytoene synthase  49.8 
 
 		 269 aa  195  9e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3492  Squalene/phytoene synthase  47.04 
 
 		 303 aa  194  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.706922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  36.63 
 
 		 279 aa  179  4e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0058  squalene/phytoene synthase  36.26 
 
 		 279 aa  177  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2036  phytoene synthase  33.45 
 
 		 278 aa  160  3e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.210568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2092  Phytoene synthase  32.49 
 
 		 278 aa  149  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.784236  normal  0.0129456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2031  Squalene/phytoene synthase  33.45 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5619  Squalene/phytoene synthase  34.17 
 
 		 275 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5959  Squalene/phytoene synthase  33.09 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.581126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  35.63 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  42.46 
 
 		 321 aa  109  7.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  39.11 
 
 		 316 aa  93.2  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  39.11 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  39.11 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  39.11 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.95 
 
 		 279 aa  91.7  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  29.44 
 
 		 277 aa  91.3  2e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  38.29 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  32.13 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  34 
 
 		 294 aa  90.5  4e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  38.55 
 
 		 314 aa  88.6  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  31.51 
 
 		 299 aa  86.3  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  38.12 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1075  squalene/phytoene synthase  28.74 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  32.73 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  33.7 
 
 		 325 aa  82  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  32.87 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  36.17 
 
 		 317 aa  80.5  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  36.04 
 
 		 339 aa  79.3  0.00000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.71 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  35.06 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  34.88 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  35.43 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  33.48 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  35.59 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  32.18 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  33.33 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  32.86 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  31.61 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  30.93 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  30.94 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  34.74 
 
 		 337 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  29.47 
 
 		 505 aa  64.3  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  29.57 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  30.73 
 
 		 331 aa  63.2  0.000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  31.49 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.33 
 
 		 281 aa  62.4  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  30.11 
 
 		 338 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  30.09 
 
 		 268 aa  62  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  35.23 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  27 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  29.19 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  30.26 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  24.44 
 
 		 575 aa  58.5  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.69 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  27.17 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  31.28 
 
 		 310 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  30.81 
 
 		 312 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  31.28 
 
 		 310 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  30.43 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  35.33 
 
 		 289 aa  55.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  24.58 
 
 		 310 aa  55.1  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  28.41 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  28.88 
 
 		 311 aa  54.3  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  31.21 
 
 		 278 aa  53.9  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  28.04 
 
 		 294 aa  53.9  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  32.57 
 
 		 293 aa  53.5  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  30.53 
 
 		 285 aa  53.5  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  28.8 
 
 		 279 aa  52.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  32.14 
 
 		 280 aa  52.8  0.000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  30.6 
 
 		 298 aa  52.8  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  29.58 
 
 		 353 aa  52.4  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01711  squalene and phytoene synthase  29.05 
 
 		 302 aa  52.4  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.460844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  28.96 
 
 		 342 aa  52  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  31.64 
 
 		 288 aa  52  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  31.61 
 
 		 280 aa  52  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  29.09 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  29.41 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  30.46 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  32 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  28.79 
 
 		 327 aa  51.6  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  26.14 
 
 		 309 aa  51.2  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  30.26 
 
 		 310 aa  50.8  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  28.93 
 
 		 273 aa  50.4  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  30.68 
 
 		 302 aa  50.4  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  31.91 
 
 		 309 aa  50.8  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  31.03 
 
 		 279 aa  50.4  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.03 
 
 		 279 aa  50.4  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  27.49 
 
 		 364 aa  50.4  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2584  squalene/phytoene synthase  28.02 
 
 		 287 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2638  squalene/phytoene synthase  28.02 
 
 		 287 aa  50.4  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.444406  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  31.07 
 
 		 279 aa  50.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0010  putative squalene/phytoene synthase  30.1 
 
 		 306 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>