173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_04440 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_04440  phytoene/squalene synthetase  100 
 
 		 298 aa  580  1.0000000000000001e-165  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12760  phytoene/squalene synthetase  59.71 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.614964 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2544  Squalene/phytoene synthase  57.36 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.11325  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13840  phytoene/squalene synthetase  53.52 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000498285  normal  0.916013 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2892  Squalene/phytoene synthase  52.96 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0910578 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0341  Squalene/phytoene synthase  49.46 
 
 		 312 aa  221  9e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21230  phytoene/squalene synthetase  48.56 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0472  Squalene/phytoene synthase  48.9 
 
 		 269 aa  201  1.9999999999999998e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2036  phytoene synthase  38.32 
 
 		 278 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.210568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3492  Squalene/phytoene synthase  49.82 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.706922  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  36.1 
 
 		 279 aa  192  5e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0058  squalene/phytoene synthase  35.74 
 
 		 279 aa  192  7e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5959  Squalene/phytoene synthase  38.91 
 
 		 278 aa  188  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.581126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2092  Phytoene synthase  37.36 
 
 		 278 aa  186  4e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.784236  normal  0.0129456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2031  Squalene/phytoene synthase  39.11 
 
 		 278 aa  186  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5619  Squalene/phytoene synthase  37.09 
 
 		 275 aa  183  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  37.14 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  35.96 
 
 		 330 aa  116  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  34.77 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  34.77 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  34.44 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  37.05 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  35.52 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  42.29 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  33.09 
 
 		 279 aa  103  5e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 325 aa  98.2  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  39.09 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  36.29 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  38.3 
 
 		 315 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  35.25 
 
 		 294 aa  96.7  5e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 310 aa  95.9  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  27.03 
 
 		 277 aa  90.1  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  37.84 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  31.77 
 
 		 324 aa  88.2  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  36.36 
 
 		 326 aa  86.3  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  36.84 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  36.73 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  33.5 
 
 		 339 aa  82.4  0.000000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  34.41 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  35.29 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  35.09 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  36.47 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1075  squalene/phytoene synthase  28.42 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  34.57 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  33.16 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  33.52 
 
 		 331 aa  76.3  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  31.52 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  35.68 
 
 		 337 aa  72.4  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  33.9 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  34.83 
 
 		 337 aa  70.1  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  35.57 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  31.77 
 
 		 310 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  32.51 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  33.33 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  26.21 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30.86 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  27.94 
 
 		 268 aa  65.5  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  31.05 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  32.48 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  28.22 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.86 
 
 		 279 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  30.26 
 
 		 280 aa  64.7  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  31.02 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 338 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.9 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  26.75 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  30.69 
 
 		 505 aa  63.2  0.000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  32.54 
 
 		 310 aa  62.4  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  32.54 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.27 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  29.49 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  29.11 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  30 
 
 		 303 aa  61.2  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  23.6 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  31.4 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2441  Phytoene synthase  32.6 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.214033  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  24.54 
 
 		 280 aa  60.1  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.28 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  31.75 
 
 		 327 aa  60.1  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.5 
 
 		 316 aa  58.9  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.29 
 
 		 286 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  29.06 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  32.05 
 
 		 687 aa  57.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  30 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  31.76 
 
 		 353 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  25.25 
 
 		 575 aa  57  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  32.76 
 
 		 293 aa  57  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  27.6 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  28.57 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  27.6 
 
 		 285 aa  56.2  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  29.6 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  32.09 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  32.99 
 
 		 292 aa  55.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  28.43 
 
 		 309 aa  54.7  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  29.03 
 
 		 349 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  31.38 
 
 		 379 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.1 
 
 		 313 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  28.73 
 
 		 355 aa  54.7  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3154  squalene synthase HpnD  30 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  27.84 
 
 		 310 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>