142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0341 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0341  Squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 312 aa  635    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12760  phytoene/squalene synthetase  50.76 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.28276  normal  0.614964 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04440  phytoene/squalene synthetase  47.31 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13840  phytoene/squalene synthetase  47.29 
 
 		 326 aa  213  4.9999999999999996e-54  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000498285  normal  0.916013 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0472  Squalene/phytoene synthase  48.48 
 
 		 269 aa  212  5.999999999999999e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21230  phytoene/squalene synthetase  46.78 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2892  Squalene/phytoene synthase  46.79 
 
 		 304 aa  207  1e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0910578 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2544  Squalene/phytoene synthase  47.92 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.11325  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3492  Squalene/phytoene synthase  44.52 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.706922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0058  squalene/phytoene synthase  37.14 
 
 		 279 aa  179  5.999999999999999e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00920  phytoene synthetase  35.82 
 
 		 279 aa  179  7e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.632268  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5959  Squalene/phytoene synthase  36.69 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.581126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5619  Squalene/phytoene synthase  34.88 
 
 		 275 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2036  phytoene synthase  34.66 
 
 		 278 aa  152  7e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.210568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2092  Phytoene synthase  36.82 
 
 		 278 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.784236  normal  0.0129456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2031  Squalene/phytoene synthase  34.4 
 
 		 278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  31.94 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  34.73 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  30.62 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2046  Squalene/phytoene synthase  31.13 
 
 		 279 aa  95.9  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.951992  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  32.78 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3310  Phytoene synthase  32.73 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  30.62 
 
 		 332 aa  87.4  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  28.9 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0701  Squalene/phytoene synthase  25.17 
 
 		 277 aa  85.9  8e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  31.27 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  30.77 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  29.77 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0143  Squalene/phytoene synthase  29.64 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.699038  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  26.8 
 
 		 316 aa  78.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1075  squalene/phytoene synthase  26.53 
 
 		 283 aa  77.8  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  33.33 
 
 		 318 aa  77  0.0000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0117  squalene/phytoene synthase  31.47 
 
 		 274 aa  77.4  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  28.84 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  29.85 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  32.98 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1383  phytoene synthase  29.32 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.244204  hitchhiker  0.00693002 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3076  phytoene synthase  32.62 
 
 		 330 aa  73.9  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.270581  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26420  phytoene synthase  30 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.893162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5076  phytoene synthase  29.29 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5164  phytoene synthase  29.29 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0939779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5455  phytoene synthase  28.86 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0351935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1579  squalene/phytoene synthase  31.53 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.212502  normal  0.0425272 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1846  squalene/phytoene synthase  34.69 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5132  squalene/phytoene synthase  29.18 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126114  normal  0.060719 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  25.51 
 
 		 311 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  28.15 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  28.09 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  30.65 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  24 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_56481  phytoene synthase  26.55 
 
 		 505 aa  64.3  0.000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  28.34 
 
 		 327 aa  62.8  0.000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  22.86 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  23.81 
 
 		 311 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  26.76 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  27.87 
 
 		 348 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  26.87 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  27.03 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  26.45 
 
 		 308 aa  59.7  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  32.14 
 
 		 331 aa  59.7  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  27.21 
 
 		 338 aa  59.7  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  27.46 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  29.38 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  27.08 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  26.92 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  27.6 
 
 		 325 aa  58.9  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  29.07 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  27.68 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  32.86 
 
 		 292 aa  57.4  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  27.65 
 
 		 312 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  26.17 
 
 		 310 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_5449  predicted protein  29.91 
 
 		 302 aa  57  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  27.21 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  26.88 
 
 		 313 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  27.03 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  26.09 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  26.57 
 
 		 349 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  25.36 
 
 		 575 aa  55.8  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  25.84 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  27.74 
 
 		 364 aa  55.1  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0145  squalene and phytoene synthase  25.7 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  28.72 
 
 		 352 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  27.59 
 
 		 361 aa  53.5  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  24.9 
 
 		 324 aa  53.9  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  27.84 
 
 		 300 aa  53.5  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  25.34 
 
 		 304 aa  53.1  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  29.15 
 
 		 353 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  25.37 
 
 		 293 aa  52.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  27.02 
 
 		 277 aa  52.4  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  27 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  25 
 
 		 335 aa  51.2  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  26.64 
 
 		 342 aa  50.8  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  28.36 
 
 		 312 aa  50.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  28.36 
 
 		 312 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_12559  predicted protein  31.21 
 
 		 273 aa  50.4  0.00004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.209763  normal  0.196988 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  29.11 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  32.99 
 
 		 379 aa  50.4  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  22.06 
 
 		 316 aa  50.1  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  27.15 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  23.89 
 
 		 309 aa  50.1  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>