More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1499 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1499  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 649 aa  1321    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.378064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  45.29 
 
 		 688 aa  567  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2337  TonB-dependent receptor  42.73 
 
 		 741 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55050  TonB-dependent receptor  36.2 
 
 		 684 aa  388  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.04288e-20 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1427  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 713 aa  224  6e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54950  hypothetical protein  29.84 
 
 		 448 aa  153  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.000000000000722946  unclonable  3.2012599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 710 aa  152  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 713 aa  140  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 680 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 733 aa  134  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  25.71 
 
 		 739 aa  133  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.04 
 
 		 755 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 853 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2458  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 758 aa  129  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 702 aa  128  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3715  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 731 aa  128  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 731 aa  127  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 851 aa  125  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2093  yersiniabactin/pesticin receptor FyuA  24.32 
 
 		 673 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1436  TonB-dependent siderophore receptor  25.11 
 
 		 669 aa  124  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 737 aa  123  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 779 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 767 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 764 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 761 aa  121  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1807  putative siderophore receptor protein  25.21 
 
 		 691 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0597664 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2865  TonB-dependent receptor  23.64 
 
 		 798 aa  120  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000308376  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1859  TonB-dependent receptor, plug  22.92 
 
 		 776 aa  120  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 747 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 748 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1671  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 732 aa  119  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 736 aa  118  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 755 aa  118  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  23.6 
 
 		 729 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1673  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 757 aa  117  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 797 aa  117  5e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 758 aa  117  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  22.27 
 
 		 690 aa  117  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2576  TonB-dependent receptor  21.74 
 
 		 783 aa  116  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.333669  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 766 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 690 aa  115  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 729 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 777 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1169  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 809 aa  113  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.149635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5246  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 762 aa  113  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.751713 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 803 aa  113  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1463  TonB-dependent receptor, plug  23.78 
 
 		 822 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.0000224426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1679  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 742 aa  113  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0383405 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4347  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 795 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 730 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 712 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0921  TonB-dependent receptor, plug  24.14 
 
 		 889 aa  111  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 717 aa  111  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 743 aa  110  7.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 732 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 724 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2161  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 729 aa  110  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.800649 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 730 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1559  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 730 aa  110  9.000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 741 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 794 aa  110  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 758 aa  110  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3044  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 775 aa  110  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000826445  unclonable  0.00000113602 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 733 aa  109  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 764 aa  109  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1985  TonB-dependent receptor, plug  24.84 
 
 		 754 aa  108  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 713 aa  108  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  22.4 
 
 		 729 aa  107  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2711  TonB-dependent receptor, plug  23.33 
 
 		 762 aa  108  5e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.882237  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 735 aa  107  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 733 aa  107  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 771 aa  107  9e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4231  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 776 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0924  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 795 aa  106  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0667  putative TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 793 aa  106  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 769 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 751 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  20.95 
 
 		 713 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  21.65 
 
 		 704 aa  105  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0785  TonB-dependent receptor, plug  24.38 
 
 		 829 aa  105  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.324932  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.01 
 
 		 715 aa  104  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02728  TonB-dependent outer membrane receptor  24.23 
 
 		 738 aa  104  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3046  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 722 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.770987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 710 aa  104  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  22.44 
 
 		 744 aa  104  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1656  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 764 aa  103  7e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  decreased coverage  0.00188078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 741 aa  103  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 765 aa  103  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3103  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 725 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.105862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  21.76 
 
 		 732 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 720 aa  102  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1053  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 791 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2447  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 783 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 730 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0714  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 780 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.116243  decreased coverage  0.000166351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2226  TonB-dependent receptor, plug  23.76 
 
 		 785 aa  102  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1676  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 759 aa  102  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  20.48 
 
 		 767 aa  101  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>