More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2310 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2715  TonB-dependent receptor  95.28 
 
 		 733 aa  1379    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  90.57 
 
 		 744 aa  1372    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  74.37 
 
 		 736 aa  1126    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1886  TonB-dependent receptor plug  70.55 
 
 		 729 aa  1085    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.270024  normal  0.821548 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  90.42 
 
 		 743 aa  1373    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  74.37 
 
 		 713 aa  1117    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  90.56 
 
 		 743 aa  1375    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2484  TonB-dependent receptor  90.98 
 
 		 744 aa  1353    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000223864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2321  TonB-dependent receptor  64.9 
 
 		 744 aa  962    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.130994  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  73.4 
 
 		 712 aa  1096    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  91.67 
 
 		 729 aa  1352    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 732 aa  1513    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  83.58 
 
 		 748 aa  1271    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  74.46 
 
 		 733 aa  1152    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  83.56 
 
 		 757 aa  1269    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  68.57 
 
 		 730 aa  1062    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  42.44 
 
 		 697 aa  520  1e-146  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  38.93 
 
 		 726 aa  492  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1344  TonB-dependent receptor  35.61 
 
 		 687 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0341297  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3405  outer membrane protein  33.51 
 
 		 714 aa  401  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.411389  normal  0.175669 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02805  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 696 aa  348  3e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00354555  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 853 aa  235  3e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 851 aa  230  8e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 690 aa  213  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 690 aa  213  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  27.1 
 
 		 695 aa  196  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 720 aa  195  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  25.67 
 
 		 715 aa  195  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 720 aa  186  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 729 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0429  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 687 aa  183  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.395875  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 728 aa  182  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 764 aa  177  6e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 783 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 747 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 713 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 732 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2495  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 712 aa  170  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.237347 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 734 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 763 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 765 aa  164  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 755 aa  163  9e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 763 aa  159  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  26.48 
 
 		 755 aa  159  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 773 aa  159  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 702 aa  159  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 710 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 700 aa  158  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  25.32 
 
 		 767 aa  158  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 761 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0563  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 737 aa  156  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 704 aa  156  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 794 aa  156  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 695 aa  156  2e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 753 aa  155  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  24.91 
 
 		 751 aa  154  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 792 aa  154  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 762 aa  153  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0190  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 710 aa  152  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.8 
 
 		 759 aa  151  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 749 aa  150  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 641 aa  150  7e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  25.06 
 
 		 753 aa  150  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 803 aa  150  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 703 aa  148  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2646  TonB-dependent receptor plug  25.25 
 
 		 771 aa  148  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.994259 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 771 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 741 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1458  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 694 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.552636  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2695  TonB-dependent receptor  25.88 
 
 		 711 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.316002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 775 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 732 aa  146  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2744  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 686 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.339912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 731 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 773 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 670 aa  144  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 751 aa  144  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 790 aa  144  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0760  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 746 aa  143  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1534  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 771 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336206 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0429  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 738 aa  143  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  24.54 
 
 		 799 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4611  TonB-dependent receptor, plug  24.03 
 
 		 784 aa  142  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 724 aa  142  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 761 aa  142  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 802 aa  141  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0899  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 764 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00548484  normal  0.114309 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0895  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 769 aa  140  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0618302  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1691  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 743 aa  139  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0224052  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1910  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 736 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 718 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 723 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1977  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 769 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357712  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 741 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0765  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 779 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  0.367736 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3007  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 692 aa  139  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0304198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 763 aa  138  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 726 aa  138  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0657  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 666 aa  138  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 778 aa  138  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>