249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23120 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_23120  squalene synthase HpnC  100 
 
 		 300 aa  592  1e-168  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47471  normal  0.232821 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5717  squalene/phytoene synthase  51.11 
 
 		 379 aa  263  3e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0819  squalene/phytoene synthase  51.44 
 
 		 357 aa  260  2e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6668  squalene synthase HpnC  50 
 
 		 302 aa  244  9e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.237097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1693  squalene/phytoene synthase  47.79 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.267  hitchhiker  0.0000197833 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2442  squalene synthase HpnC  43.95 
 
 		 291 aa  191  9e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.337802  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0305  squalene/phytoene synthase  37.08 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  38.97 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1745  squalene/phytoene synthase  37.5 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1696  putative phytoene synthase-like protein  41.88 
 
 		 281 aa  158  9e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.635329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1468  squalene/phytoene synthase  39.04 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0963018 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2705  squalene/phytoene synthase  39.22 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000135521  hitchhiker  0.00000104011 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1525  putative phytoene synthase-like protein  41.18 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2018  squalene/phytoene synthase  38.4 
 
 		 296 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.971404  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2245  squalene synthase HpnC  33.72 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2961  squalene/phytoene synthase  38 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277039  hitchhiker  0.00507473 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2157  squalene synthase HpnC  38.82 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5423  squalene synthase HpnC  41.55 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1941  squalene synthase HpnC  38.12 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.692084 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1510  squalene synthase HpnC  37.45 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.829612  normal  0.012089 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2217  squalene synthase HpnC  38.25 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6350  squalene synthase HpnC  39.52 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0219835  normal  0.177291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1463  squalene/phytoene synthase  38.89 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1832  squalene synthase HpnC  36.77 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2506  squalene synthase HpnC  34.63 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2685  squalene/phytoene synthase  37.04 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0065  squalene/phytoene synthase  37.04 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.114754  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7143  squalene synthase HpnC  39.91 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1288  putative terpenoid synthase-related protein  38.7 
 
 		 276 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  0.0912126 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2272  squalene/phytoene synthase  36.57 
 
 		 292 aa  113  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.267768  normal  0.247445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3153  squalene synthase HpnC  38.25 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1550  squalene/phytoene synthase  34.35 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0019  putative squalene/phytoene synthase  33.2 
 
 		 288 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1828  squalene synthase HpnC  38.5 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4264  squalene synthase HpnC  37.04 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7037  squalene synthase HpnC  32.4 
 
 		 288 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000587069 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2573  squalene synthase HpnC  38.43 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3240  squalene synthase HpnC  37.66 
 
 		 291 aa  109  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113337 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2966  putative phytoene synthase  39.38 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3576  squalene/phytoene synthase  37.17 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1723  squalene/phytoene synthase  37.79 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0721768 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1205  squalene/phytoene synthase  37.18 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178977  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  28.41 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0119  squalene/phytoene synthase  35.92 
 
 		 278 aa  104  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  29.13 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1124  squalene synthase HpnC  36.75 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0153874  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  31.98 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  31.9 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  32.51 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  28.31 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  31.17 
 
 		 337 aa  100  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1717  squalene/phytoene synthase  34.96 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.38263  normal  0.104213 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  33.17 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  29.96 
 
 		 280 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23110  squalene synthase HpnD  38.92 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.246209  normal  0.237195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6667  squalene synthase HpnD  34.88 
 
 		 287 aa  99.4  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.349811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  31.68 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  29.52 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  32.65 
 
 		 277 aa  96.7  5e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4369  squalene/phytoene synthase  34.62 
 
 		 309 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  30.68 
 
 		 321 aa  95.9  7e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  27.27 
 
 		 310 aa  95.9  8e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5716  squalene/phytoene synthase  34.17 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.038374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2548  squalene synthase HpnC  39.33 
 
 		 276 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0126311 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  33.81 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  27.84 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4931  squalene/phytoene synthase  33.17 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.974749  normal  0.56653 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  30.61 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0820  squalene/phytoene synthase  35.96 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.122884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13432  phytoene synthase phyA  32.98 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  26.67 
 
 		 309 aa  92.4  7e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  30.81 
 
 		 280 aa  92.4  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1694  squalene/phytoene synthase  35.38 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0597183  hitchhiker  0.0000516194 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  33.47 
 
 		 310 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  32.68 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0026  squalene/phytoene synthase  30.05 
 
 		 268 aa  90.5  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  30.95 
 
 		 279 aa  90.5  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  25.49 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  31.31 
 
 		 331 aa  90.1  4e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4441  squalene/phytoene synthase  29.32 
 
 		 312 aa  90.1  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.902716 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  26.27 
 
 		 311 aa  90.1  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0299  phytoene synthase  28.93 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.791623  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  27.84 
 
 		 316 aa  88.2  1e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  30.48 
 
 		 279 aa  88.6  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  32.7 
 
 		 286 aa  88.2  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  29.76 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  30 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  32.23 
 
 		 302 aa  87  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  30.34 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  28.4 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  32.39 
 
 		 312 aa  86.3  6e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3229  Squalene/phytoene synthase  29.48 
 
 		 332 aa  86.3  7e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.584963  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  35.86 
 
 		 325 aa  85.5  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02151  squalene and phytoene synthase  32.39 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  28.08 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  29.05 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  31.92 
 
 		 313 aa  84  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  28.04 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  32.01 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  28.33 
 
 		 278 aa  83.2  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>