147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2681 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2681  transcriptional regulator  100 
 
 		 634 aa  1286    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0085  putative transcriptional regulator  50.62 
 
 		 641 aa  580  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1157  transcriptional regulator  44.23 
 
 		 687 aa  548  1e-155  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.033832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3153  putative transcriptional regulator  46.93 
 
 		 611 aa  519  1e-146  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880898  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0182  putative transcriptional regulator  43.95 
 
 		 606 aa  510  1e-143  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2458  putative transcriptional regulator  46.06 
 
 		 619 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0168743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3608  putative transcriptional regulator  46.82 
 
 		 628 aa  498  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.78709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7144  putative transcriptional regulator  30.35 
 
 		 582 aa  177  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0538  putative transcriptional regulator  25.71 
 
 		 622 aa  165  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.141611  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1459  putative transcriptional regulator  26.22 
 
 		 571 aa  162  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0482  divergent AAA ATP  27.96 
 
 		 475 aa  151  4e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0864  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 		 433 aa  146  1e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0052  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 656 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0048  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 656 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5660  putative transcriptional regulator  27.29 
 
 		 643 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.449739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2855  putative transcriptional regulator  29.01 
 
 		 572 aa  134  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1179  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 		 620 aa  134  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3556  putative transcriptional regulator  24.57 
 
 		 620 aa  134  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4173  putative transcriptional regulator  24.38 
 
 		 663 aa  133  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219897  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0904  divergent AAA domain protein  26.17 
 
 		 543 aa  119  1.9999999999999998e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1244  putative transcriptional regulator  25.47 
 
 		 455 aa  113  1.0000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0230  putative transcriptional regulator  29.05 
 
 		 456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1961  putative transcriptional regulator  28.04 
 
 		 515 aa  110  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0636  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 		 492 aa  109  2e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.242248  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1090  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 448 aa  106  1e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.846726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2125  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 		 468 aa  106  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1744  putative transcriptional regulator  27.9 
 
 		 479 aa  104  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.853827 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0620  putative transcriptional regulator  25.45 
 
 		 469 aa  102  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00572222  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1210  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 448 aa  100  8e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0490  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 504 aa  100  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0362004 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1124  putative transcriptional regulator  26.2 
 
 		 394 aa  97.4  6e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0803349  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0637  putative transcriptional regulator  25.64 
 
 		 456 aa  96.3  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1606  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 386 aa  97.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.906529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0101  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 		 663 aa  95.1  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220475  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3605  transcriptional regulator, TrmB  28.6 
 
 		 478 aa  93.2  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2603  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 		 469 aa  92  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00960244  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3533  putative transcriptional regulator  27.63 
 
 		 459 aa  91.7  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.412037  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3296  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 478 aa  91.3  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0979413 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1467  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 508 aa  90.5  8e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1753  putative transcriptional regulator  28.39 
 
 		 485 aa  90.5  9e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1221  putative transcriptional regulator  25.8 
 
 		 394 aa  89  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1399  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 494 aa  87.8  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0827  ATP-dependent DNA helicase, putative  30.74 
 
 		 526 aa  87.8  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0965  putative transcriptional regulator  30.74 
 
 		 522 aa  87.8  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.111949  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0093  putative transcriptional regulator  26.76 
 
 		 545 aa  87  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2888  putative transcriptional regulator  28.29 
 
 		 602 aa  87  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1735  putative transcriptional regulator  25.98 
 
 		 396 aa  86.3  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256151  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1428  putative transcriptional regulator  26.45 
 
 		 620 aa  86.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00334875  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0889  putative transcriptional regulator  26.64 
 
 		 463 aa  85.5  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2722  putative transcriptional regulator  26.23 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000390444  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0343  AAA-4 family protein  26.63 
 
 		 548 aa  84.3  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0947  putative transcriptional regulator  24.69 
 
 		 446 aa  83.6  0.000000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000653494  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1518  putative transcriptional regulator  28.51 
 
 		 498 aa  83.6  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01810  predicted transcriptional regulator with HTH domain  27.86 
 
 		 456 aa  82.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0182  putative transcriptional regulator  26.61 
 
 		 478 aa  82.4  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2298  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0550808  normal  0.0348046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0634  putative transcriptional regulator  30.2 
 
 		 502 aa  80.9  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1448  putative transcriptional regulator  28.72 
 
 		 499 aa  80.5  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3010  hypothetical protein  25.83 
 
 		 423 aa  80.1  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3392  putative transcriptional regulator  19.8 
 
 		 460 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0911  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 		 500 aa  79.7  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0980793  normal  0.225317 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3194  ATP-dependent DNA helicase RecG domain protein  27.36 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.404765  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0592  putative transcriptional regulator  29.37 
 
 		 582 aa  79.3  0.0000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.142374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2795  putative transcriptional regulator  27.36 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0054  putative transcriptional regulator  30.37 
 
 		 226 aa  79.3  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00302392  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3256  putative transcriptional regulator  27.46 
 
 		 545 aa  79.3  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2782  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 471 aa  77.4  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.574947 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0539  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.697874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0813  putative transcriptional regulator  25.3 
 
 		 467 aa  76.3  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.12457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2628  putative transcriptional regulator  26.73 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0061  putative transcriptional regulator  27.32 
 
 		 467 aa  75.1  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0081  putative transcriptional regulator  23.79 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0507  divergent AAA ATPase  28.23 
 
 		 483 aa  75.1  0.000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1885  putative transcriptional regulator  25.19 
 
 		 481 aa  74.3  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1706  putative transcriptional regulator  25.24 
 
 		 480 aa  73.6  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.383518  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0250  putative transcriptional regulator  26.69 
 
 		 383 aa  73.6  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0785  putative transcriptional regulator  26.62 
 
 		 412 aa  73.2  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0182  putative transcriptional regulator  26.37 
 
 		 473 aa  73.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.934205 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0799  putative transcriptional regulator  22.85 
 
 		 374 aa  72  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2425  putative transcriptional regulator  24.95 
 
 		 472 aa  71.2  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0312863  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1101  putative transcriptional regulator  25.79 
 
 		 402 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.0000119822  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2841  putative transcriptional regulator  24.87 
 
 		 458 aa  70.1  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2738  putative transcriptional regulator  25.42 
 
 		 561 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131644  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3604  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0147385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1786  putative transcriptional regulator  25.91 
 
 		 519 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.323375  hitchhiker  0.00000234079 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1402  putative transcriptional regulator  24.58 
 
 		 551 aa  68.2  0.0000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1541  putative transcriptional regulator  25.81 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509332 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2890  putative transcriptional regulator  25.08 
 
 		 389 aa  67.4  0.0000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2367  putative transcriptional regulator  22.2 
 
 		 509 aa  67.4  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0329  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 		 455 aa  66.6  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.024983  hitchhiker  0.000000313629 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2462  putative transcriptional regulator  34.69 
 
 		 480 aa  66.6  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0558  putative transcriptional regulator  29.24 
 
 		 556 aa  65.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411338  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4113  putative transcriptional regulator  22.49 
 
 		 457 aa  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0274471  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2922  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 477 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0027  hypothetical protein  21.28 
 
 		 462 aa  65.1  0.000000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4300  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 		 581 aa  65.1  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4979  putative transcriptional regulator  26.98 
 
 		 586 aa  63.9  0.000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0011144 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0747  putative transcriptional regulator  25.26 
 
 		 483 aa  63.9  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3430  putative transcriptional regulator  24.14 
 
 		 483 aa  63.5  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.26911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1249  putative transcriptional regulator  29.31 
 
 		 189 aa  63.2  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.629566  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>