More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2462 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  86.36 
 
 		 352 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 355 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  77.18 
 
 		 355 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  76.38 
 
 		 355 aa  544  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  69.71 
 
 		 354 aa  501  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  65.43 
 
 		 355 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  65.62 
 
 		 354 aa  478  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 353 aa  295  9e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  43.88 
 
 		 353 aa  288  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 369 aa  276  3e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  42.15 
 
 		 369 aa  275  8e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 372 aa  270  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 352 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 350 aa  233  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 504 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.39 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 352 aa  203  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 342 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  33.86 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  34.37 
 
 		 342 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 350 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  33.23 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 347 aa  189  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.75 
 
 		 342 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 368 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 360 aa  186  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  33.01 
 
 		 328 aa  186  6e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 319 aa  186  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  34.78 
 
 		 339 aa  184  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 352 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  32.91 
 
 		 339 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  32.74 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  28.91 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 348 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 359 aa  172  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 378 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  31.87 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 341 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  34.25 
 
 		 347 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  32.05 
 
 		 355 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.96 
 
 		 341 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.14 
 
 		 630 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.36 
 
 		 533 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.48 
 
 		 316 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  31.21 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 341 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 550 aa  143  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 753 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 422 aa  142  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 518 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 453 aa  142  7e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  44.26 
 
 		 317 aa  142  9e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 172 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.57 
 
 		 628 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.39 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 631 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.56 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  46.06 
 
 		 493 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 532 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.65 
 
 		 425 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 648 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 578 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  45.96 
 
 		 308 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  37.88 
 
 		 690 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 610 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 316 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 		 796 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.75 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0918  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0046e-32 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 578 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 452 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>