293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1025 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64 
 
 
570 aa  761    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  64.63 
 
 
570 aa  802    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.28 
 
 
570 aa  853    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  100 
 
 
573 aa  1206    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.63 
 
 
570 aa  858    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.97 
 
 
569 aa  810    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 
565 aa  597  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.38 
 
 
566 aa  595  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  50.43 
 
 
565 aa  593  1e-168  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.43 
 
 
574 aa  583  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.44 
 
 
572 aa  583  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.22 
 
 
573 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.65 
 
 
573 aa  566  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.09 
 
 
566 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.83 
 
 
567 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.61 
 
 
570 aa  555  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.79 
 
 
570 aa  551  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.54 
 
 
582 aa  545  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.17 
 
 
572 aa  548  1e-154  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.38 
 
 
579 aa  543  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  48.76 
 
 
558 aa  539  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 
569 aa  526  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.45 
 
 
561 aa  521  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.92 
 
 
561 aa  519  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  46.81 
 
 
561 aa  511  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  46.72 
 
 
574 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.53 
 
 
562 aa  486  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.29 
 
 
563 aa  485  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.49 
 
 
559 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.16 
 
 
560 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.23 
 
 
563 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.95 
 
 
578 aa  248  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.95 
 
 
579 aa  248  3e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  30.33 
 
 
550 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.2 
 
 
579 aa  228  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.8 
 
 
565 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.35 
 
 
578 aa  209  8e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.17 
 
 
581 aa  209  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.91 
 
 
546 aa  206  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.11 
 
 
584 aa  201  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.1 
 
 
549 aa  198  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.19 
 
 
551 aa  197  5.000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.67 
 
 
547 aa  195  2e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.5 
 
 
547 aa  193  7e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.65 
 
 
546 aa  186  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.81 
 
 
546 aa  186  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.57 
 
 
546 aa  182  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.11 
 
 
522 aa  177  6e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 
527 aa  176  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.9 
 
 
528 aa  174  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  28.5 
 
 
547 aa  174  3.9999999999999995e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.82 
 
 
527 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  28.55 
 
 
551 aa  168  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 
523 aa  159  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.75 
 
 
528 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.43 
 
 
553 aa  154  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.04 
 
 
522 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.91 
 
 
522 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 
522 aa  152  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.75 
 
 
528 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 
526 aa  152  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 
522 aa  152  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.63 
 
 
573 aa  152  2e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.02 
 
 
549 aa  149  1.0000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.1 
 
 
573 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.38 
 
 
573 aa  147  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.15 
 
 
522 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.15 
 
 
522 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.4 
 
 
518 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.72 
 
 
550 aa  145  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 
522 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.93 
 
 
553 aa  144  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.29 
 
 
561 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.58 
 
 
523 aa  130  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  25.75 
 
 
591 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.42 
 
 
545 aa  128  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.75 
 
 
563 aa  127  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
547 aa  127  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.01 
 
 
534 aa  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.16 
 
 
590 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  25.3 
 
 
596 aa  124  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.54 
 
 
572 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.69 
 
 
551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.61 
 
 
538 aa  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.14 
 
 
556 aa  120  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.6 
 
 
531 aa  120  9e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.75 
 
 
589 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  25.21 
 
 
547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.42 
 
 
549 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.47 
 
 
548 aa  116  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.2 
 
 
526 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.05 
 
 
556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.44 
 
 
547 aa  114  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.43 
 
 
536 aa  113  9e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.38 
 
 
539 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.49 
 
 
540 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  25.04 
 
 
549 aa  111  4.0000000000000004e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 
556 aa  110  8.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25 
 
 
526 aa  110  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.86 
 
 
534 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>