More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4690 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.72 
 
 
570 aa  664    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.64 
 
 
565 aa  672    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
570 aa  1195    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.67 
 
 
566 aa  658    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.55 
 
 
572 aa  793    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.64 
 
 
567 aa  657    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.3 
 
 
574 aa  737    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.67 
 
 
573 aa  646    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.32 
 
 
566 aa  633  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.56 
 
 
582 aa  629  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  53.55 
 
 
565 aa  624  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.8 
 
 
573 aa  620  1e-176  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.32 
 
 
572 aa  618  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.41 
 
 
561 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  52.74 
 
 
561 aa  607  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.5 
 
 
579 aa  605  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.43 
 
 
570 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.58 
 
 
561 aa  591  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.71 
 
 
569 aa  593  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  50.27 
 
 
558 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  50.44 
 
 
570 aa  559  1e-158  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.47 
 
 
570 aa  555  1e-157  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.34 
 
 
570 aa  553  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.09 
 
 
569 aa  552  1e-156  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  48.79 
 
 
573 aa  551  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.44 
 
 
563 aa  536  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  47.89 
 
 
574 aa  533  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.06 
 
 
560 aa  507  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.98 
 
 
559 aa  507  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.34 
 
 
562 aa  495  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.43 
 
 
563 aa  456  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.77 
 
 
579 aa  270  5.9999999999999995e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.62 
 
 
579 aa  265  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.39 
 
 
578 aa  252  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.47 
 
 
584 aa  248  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.58 
 
 
565 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.09 
 
 
581 aa  243  5e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.18 
 
 
550 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.31 
 
 
546 aa  236  8e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.79 
 
 
546 aa  228  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.09 
 
 
551 aa  228  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.03 
 
 
549 aa  224  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.98 
 
 
547 aa  222  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.98 
 
 
547 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.62 
 
 
546 aa  219  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.06 
 
 
578 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.84 
 
 
546 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  31.36 
 
 
547 aa  208  2e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  29.88 
 
 
551 aa  196  7e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 
527 aa  187  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.9 
 
 
528 aa  183  7e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.63 
 
 
527 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.12 
 
 
522 aa  174  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.61 
 
 
553 aa  172  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
522 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.29 
 
 
522 aa  169  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.08 
 
 
551 aa  166  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.75 
 
 
538 aa  164  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.37 
 
 
522 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.37 
 
 
522 aa  164  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.09 
 
 
523 aa  163  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.26 
 
 
572 aa  161  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.86 
 
 
528 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.47 
 
 
522 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.82 
 
 
522 aa  159  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 
528 aa  158  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.96 
 
 
589 aa  156  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
522 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 
526 aa  154  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.09 
 
 
573 aa  153  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 
553 aa  152  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.72 
 
 
561 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.02 
 
 
556 aa  152  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.92 
 
 
563 aa  151  4e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 
518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 
533 aa  147  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 
533 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.67 
 
 
533 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 
548 aa  146  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.7 
 
 
540 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.03 
 
 
550 aa  144  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.65 
 
 
549 aa  144  5e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.5 
 
 
536 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.02 
 
 
544 aa  141  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  27.38 
 
 
539 aa  139  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.1 
 
 
573 aa  138  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.6 
 
 
534 aa  139  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
545 aa  137  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 
550 aa  137  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.16 
 
 
573 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.25 
 
 
545 aa  137  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.89 
 
 
534 aa  136  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 
552 aa  136  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 
547 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.3 
 
 
526 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.27 
 
 
523 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 
511 aa  134  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.07 
 
 
556 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  27.61 
 
 
521 aa  133  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 
531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>