More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5620 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.53 
 
 
572 aa  649    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
579 aa  1226    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.68 
 
 
565 aa  674    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.18 
 
 
582 aa  660    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.52 
 
 
566 aa  639    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.21 
 
 
574 aa  630  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.63 
 
 
567 aa  630  1e-179  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.41 
 
 
570 aa  617  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  53.43 
 
 
561 aa  616  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.98 
 
 
566 aa  612  9.999999999999999e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.34 
 
 
573 aa  609  1e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  52.04 
 
 
565 aa  605  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.5 
 
 
570 aa  605  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.41 
 
 
570 aa  601  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.96 
 
 
561 aa  598  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.34 
 
 
572 aa  595  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  51.69 
 
 
558 aa  597  1e-169  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.7 
 
 
561 aa  597  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.13 
 
 
570 aa  592  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.75 
 
 
573 aa  588  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.24 
 
 
569 aa  575  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.97 
 
 
569 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  50.71 
 
 
570 aa  554  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.56 
 
 
570 aa  554  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  49.38 
 
 
573 aa  543  1e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.12 
 
 
563 aa  535  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  48.17 
 
 
574 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.14 
 
 
560 aa  495  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.1 
 
 
562 aa  492  9.999999999999999e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.04 
 
 
559 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.95 
 
 
563 aa  466  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.73 
 
 
565 aa  249  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 
579 aa  244  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.4 
 
 
579 aa  236  6e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.67 
 
 
578 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  28.78 
 
 
550 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.72 
 
 
581 aa  225  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.29 
 
 
549 aa  223  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.52 
 
 
546 aa  220  5e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.02 
 
 
546 aa  219  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.04 
 
 
584 aa  208  3e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.04 
 
 
546 aa  207  5e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.12 
 
 
527 aa  204  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.14 
 
 
546 aa  204  4e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.17 
 
 
527 aa  196  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.18 
 
 
547 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.2 
 
 
528 aa  194  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  29.59 
 
 
547 aa  193  8e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.9 
 
 
522 aa  191  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.82 
 
 
522 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.51 
 
 
547 aa  188  3e-46  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.82 
 
 
522 aa  188  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 
522 aa  187  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.79 
 
 
578 aa  187  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  27.76 
 
 
551 aa  183  9.000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.78 
 
 
551 aa  182  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.96 
 
 
522 aa  181  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 
528 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.14 
 
 
528 aa  179  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.47 
 
 
522 aa  178  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 
523 aa  177  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.33 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.49 
 
 
522 aa  175  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.17 
 
 
526 aa  173  9e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  29.37 
 
 
523 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.99 
 
 
553 aa  162  2e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.49 
 
 
589 aa  155  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
548 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.31 
 
 
573 aa  153  7e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.31 
 
 
573 aa  153  7e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  26.78 
 
 
539 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 
553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.79 
 
 
573 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.96 
 
 
536 aa  143  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.49 
 
 
540 aa  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  24.46 
 
 
591 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.46 
 
 
534 aa  139  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 
518 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
556 aa  137  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.86 
 
 
551 aa  132  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
539 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.13 
 
 
539 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
539 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
539 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.35 
 
 
538 aa  130  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 
545 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.67 
 
 
591 aa  128  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
545 aa  128  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  24.21 
 
 
594 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  24.08 
 
 
594 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.65 
 
 
526 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  24.09 
 
 
549 aa  123  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.17 
 
 
594 aa  122  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.44 
 
 
549 aa  121  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.84 
 
 
590 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  24.46 
 
 
594 aa  120  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 
550 aa  120  7.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  23.76 
 
 
591 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  23.76 
 
 
591 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.33 
 
 
592 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>