More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1641 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69.54 
 
 		 522 aa  781    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  77.01 
 
 		 522 aa  842    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.57 
 
 		 534 aa  695    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.25 
 
 		 522 aa  838    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.28 
 
 		 527 aa  732    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  69.35 
 
 		 522 aa  777    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  66.54 
 
 		 528 aa  735    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69.54 
 
 		 522 aa  781    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.73 
 
 		 528 aa  739    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  82.95 
 
 		 522 aa  910    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.69 
 
 		 526 aa  750    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 522 aa  1088    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  71.26 
 
 		 523 aa  757    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.77 
 
 		 527 aa  650    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.35 
 
 		 522 aa  784    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.35 
 
 		 523 aa  834    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  57.79 
 
 		 528 aa  621  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.88 
 
 		 518 aa  527  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.47 
 
 		 553 aa  288  1e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.52 
 
 		 547 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.05 
 
 		 547 aa  257  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.9 
 
 		 548 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  37.81 
 
 		 547 aa  250  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.39 
 
 		 553 aa  247  3e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.25 
 
 		 548 aa  241  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.44 
 
 		 515 aa  240  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.85 
 
 		 556 aa  240  5e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.15 
 
 		 550 aa  240  5e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.07 
 
 		 573 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.21 
 
 		 526 aa  236  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.67 
 
 		 573 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.31 
 
 		 556 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 		 556 aa  231  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.43 
 
 		 545 aa  229  1e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.31 
 
 		 526 aa  228  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  37.16 
 
 		 563 aa  227  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  37.16 
 
 		 563 aa  227  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  37.16 
 
 		 563 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.83 
 
 		 531 aa  219  7e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  32.12 
 
 		 549 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.95 
 
 		 565 aa  213  7e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.37 
 
 		 533 aa  211  2e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.89 
 
 		 572 aa  209  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.4 
 
 		 563 aa  207  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.94 
 
 		 545 aa  206  9e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 		 566 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 		 567 aa  197  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 		 573 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.77 
 
 		 545 aa  197  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.74 
 
 		 549 aa  197  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.4 
 
 		 561 aa  196  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 		 572 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 		 566 aa  194  2e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 		 755 aa  193  5e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.79 
 
 		 574 aa  193  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  29.07 
 
 		 573 aa  192  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  27.81 
 
 		 565 aa  192  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 		 561 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.46 
 
 		 563 aa  191  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 		 562 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 		 559 aa  188  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.79 
 
 		 565 aa  188  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 		 582 aa  187  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.08 
 
 		 572 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 		 573 aa  187  3e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.48 
 
 		 579 aa  187  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.46 
 
 		 569 aa  186  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.03 
 
 		 579 aa  186  9e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 		 561 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 		 569 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  27.6 
 
 		 561 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  30.12 
 
 		 573 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.53 
 
 		 570 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  29.95 
 
 		 573 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.8 
 
 		 578 aa  182  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.86 
 
 		 533 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 		 539 aa  176  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.83 
 
 		 558 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.8 
 
 		 560 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.37 
 
 		 539 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.37 
 
 		 539 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.37 
 
 		 539 aa  174  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 		 570 aa  172  9e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 		 540 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  29.24 
 
 		 549 aa  172  1e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.5 
 
 		 581 aa  172  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.62 
 
 		 551 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 		 534 aa  171  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 538 aa  171  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 		 544 aa  170  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.07 
 
 		 579 aa  169  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.87 
 
 		 536 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  25.87 
 
 		 574 aa  167  4e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 		 570 aa  167  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  29.19 
 
 		 539 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.94 
 
 		 578 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 		 570 aa  166  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 		 584 aa  166  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.33 
 
 		 570 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  27.67 
 
 		 594 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>