More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1371 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
584 aa  1205    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  60.62 
 
 
578 aa  691    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.68 
 
 
578 aa  776    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.9 
 
 
579 aa  919    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.1 
 
 
579 aa  822    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.88 
 
 
581 aa  998    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.56 
 
 
565 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.16 
 
 
573 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.11 
 
 
572 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.95 
 
 
559 aa  280  5e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  32.83 
 
 
574 aa  274  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.98 
 
 
570 aa  268  2e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.37 
 
 
562 aa  268  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.98 
 
 
563 aa  263  6e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32 
 
 
565 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.61 
 
 
563 aa  260  6e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.94 
 
 
567 aa  259  8e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  31.34 
 
 
565 aa  259  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 
572 aa  259  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.26 
 
 
566 aa  256  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.01 
 
 
566 aa  254  3e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.88 
 
 
582 aa  248  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.44 
 
 
569 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.1 
 
 
574 aa  244  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.64 
 
 
570 aa  241  2e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 
560 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  30.94 
 
 
558 aa  238  3e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 
570 aa  236  6e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.85 
 
 
570 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 
570 aa  234  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.53 
 
 
561 aa  231  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  31.35 
 
 
561 aa  230  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  30.33 
 
 
570 aa  228  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.87 
 
 
579 aa  225  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 
573 aa  224  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 
561 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  29.11 
 
 
573 aa  219  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  28.17 
 
 
550 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.02 
 
 
553 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.8 
 
 
553 aa  201  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.19 
 
 
527 aa  201  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.54 
 
 
546 aa  199  7.999999999999999e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  30.15 
 
 
573 aa  193  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.15 
 
 
528 aa  188  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.11 
 
 
526 aa  185  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.48 
 
 
522 aa  182  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.52 
 
 
522 aa  182  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.47 
 
 
522 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.68 
 
 
569 aa  181  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.47 
 
 
522 aa  181  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.9 
 
 
546 aa  179  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.1 
 
 
546 aa  178  3e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.57 
 
 
522 aa  176  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  25.72 
 
 
546 aa  175  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.22 
 
 
545 aa  173  7.999999999999999e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.67 
 
 
522 aa  172  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  28.32 
 
 
549 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.74 
 
 
527 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 
528 aa  169  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.53 
 
 
547 aa  170  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.56 
 
 
528 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 
572 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 
548 aa  168  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.37 
 
 
523 aa  167  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.43 
 
 
522 aa  166  9e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.82 
 
 
547 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.06 
 
 
522 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.73 
 
 
550 aa  163  8.000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  28.82 
 
 
547 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
531 aa  161  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.41 
 
 
549 aa  161  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.87 
 
 
551 aa  160  6e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.32 
 
 
573 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.24 
 
 
561 aa  159  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  25.99 
 
 
596 aa  158  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.6 
 
 
556 aa  158  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.81 
 
 
548 aa  158  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.85 
 
 
548 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.26 
 
 
518 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.98 
 
 
523 aa  156  9e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.02 
 
 
533 aa  153  8e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.2 
 
 
573 aa  153  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
536 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.06 
 
 
526 aa  151  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
540 aa  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 
556 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.12 
 
 
539 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 
539 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.19 
 
 
547 aa  145  2e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 
539 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.15 
 
 
539 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.36 
 
 
547 aa  144  5e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 
556 aa  143  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  26.21 
 
 
539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.79 
 
 
589 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 
526 aa  141  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.49 
 
 
590 aa  141  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.08 
 
 
545 aa  141  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.92 
 
 
551 aa  141  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.89 
 
 
534 aa  140  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>