More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0230 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  60.65 
 
 
578 aa  690    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65 
 
 
578 aa  786    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.66 
 
 
579 aa  877    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.9 
 
 
584 aa  892    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.43 
 
 
581 aa  910    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
579 aa  1204    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.33 
 
 
565 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.89 
 
 
572 aa  336  7.999999999999999e-91  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.39 
 
 
573 aa  321  3e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  33.67 
 
 
574 aa  285  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.56 
 
 
559 aa  284  3.0000000000000004e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.72 
 
 
570 aa  282  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.86 
 
 
567 aa  281  3e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.15 
 
 
562 aa  280  4e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 
572 aa  280  6e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.99 
 
 
565 aa  274  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.87 
 
 
561 aa  272  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.81 
 
 
563 aa  270  5.9999999999999995e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.05 
 
 
566 aa  266  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.67 
 
 
566 aa  265  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  32.2 
 
 
565 aa  264  3e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.56 
 
 
570 aa  264  4e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.63 
 
 
563 aa  263  6.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.94 
 
 
569 aa  262  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.61 
 
 
574 aa  260  6e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  33.05 
 
 
558 aa  259  9e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.5 
 
 
570 aa  259  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  33.28 
 
 
561 aa  259  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  33.06 
 
 
570 aa  255  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.83 
 
 
582 aa  254  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.67 
 
 
573 aa  253  8.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.1 
 
 
569 aa  252  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.95 
 
 
579 aa  251  3e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.49 
 
 
561 aa  250  5e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.01 
 
 
570 aa  249  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.94 
 
 
560 aa  245  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  31.73 
 
 
573 aa  244  3.9999999999999997e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.05 
 
 
570 aa  235  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  29.6 
 
 
550 aa  213  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.12 
 
 
546 aa  208  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 
527 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.01 
 
 
553 aa  201  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  30.24 
 
 
528 aa  196  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.06 
 
 
546 aa  194  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.74 
 
 
551 aa  194  4e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.58 
 
 
527 aa  193  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.14 
 
 
553 aa  192  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.33 
 
 
546 aa  190  5.999999999999999e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.74 
 
 
549 aa  190  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.83 
 
 
546 aa  189  8e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.95 
 
 
522 aa  187  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  29.67 
 
 
573 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.69 
 
 
528 aa  182  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.9 
 
 
526 aa  182  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.72 
 
 
522 aa  182  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.69 
 
 
528 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.58 
 
 
522 aa  180  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.42 
 
 
545 aa  180  5.999999999999999e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  30.58 
 
 
522 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 
545 aa  177  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.45 
 
 
522 aa  177  7e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.45 
 
 
522 aa  177  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
572 aa  172  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.43 
 
 
561 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.89 
 
 
522 aa  168  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
533 aa  167  4e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.03 
 
 
531 aa  167  4e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.95 
 
 
523 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  26.72 
 
 
551 aa  163  8.000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.57 
 
 
548 aa  162  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.94 
 
 
547 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.38 
 
 
522 aa  161  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.72 
 
 
549 aa  160  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  27.05 
 
 
547 aa  160  7e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.26 
 
 
547 aa  160  7e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.47 
 
 
547 aa  160  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 
563 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.48 
 
 
523 aa  159  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.39 
 
 
573 aa  158  3e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.23 
 
 
573 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  28.94 
 
 
547 aa  157  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  26.64 
 
 
662 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.35 
 
 
590 aa  155  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.67 
 
 
614 aa  154  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
534 aa  154  4e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 
544 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.49 
 
 
662 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.53 
 
 
589 aa  152  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.49 
 
 
662 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.13 
 
 
556 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 
550 aa  150  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
548 aa  150  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.92 
 
 
526 aa  150  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.23 
 
 
518 aa  150  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.06 
 
 
556 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.06 
 
 
556 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.49 
 
 
662 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.58 
 
 
540 aa  147  5e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 
573 aa  147  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28 
 
 
548 aa  147  6e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>