More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2686 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.41 
 
 		 572 aa  635    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  79.5 
 
 		 561 aa  963    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.32 
 
 		 565 aa  707    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.37 
 
 		 566 aa  743    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.97 
 
 		 574 aa  652    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.6 
 
 		 569 aa  639    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.79 
 
 		 567 aa  743    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.61 
 
 		 572 aa  707    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.8 
 
 		 561 aa  891    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.12 
 
 		 582 aa  654    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 561 aa  1176    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  56.51 
 
 		 565 aa  650    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.04 
 
 		 570 aa  701    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.54 
 
 		 573 aa  657    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.87 
 
 		 573 aa  629  1e-179  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.74 
 
 		 566 aa  628  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.41 
 
 		 570 aa  607  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.96 
 
 		 579 aa  598  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.8 
 
 		 570 aa  600  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  50.09 
 
 		 558 aa  578  1e-164  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.48 
 
 		 569 aa  561  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  49.02 
 
 		 570 aa  558  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.69 
 
 		 570 aa  545  1e-154  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.96 
 
 		 570 aa  548  1e-154  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  45.92 
 
 		 573 aa  519  1e-146  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  46.44 
 
 		 574 aa  506  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.88 
 
 		 559 aa  500  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.68 
 
 		 560 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.6 
 
 		 562 aa  489  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.11 
 
 		 563 aa  489  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.24 
 
 		 563 aa  474  1e-132  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.6 
 
 		 578 aa  248  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.35 
 
 		 565 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.6 
 
 		 546 aa  239  6.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  29.49 
 
 		 550 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.48 
 
 		 579 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.06 
 
 		 579 aa  234  4.0000000000000004e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.4 
 
 		 549 aa  230  6e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.88 
 
 		 546 aa  223  7e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.32 
 
 		 581 aa  221  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.15 
 
 		 547 aa  219  1e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.63 
 
 		 547 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.57 
 
 		 546 aa  216  7e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.08 
 
 		 578 aa  212  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.83 
 
 		 546 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.7 
 
 		 584 aa  205  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.52 
 
 		 551 aa  201  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  28.79 
 
 		 551 aa  191  2e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 		 527 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  29.12 
 
 		 547 aa  187  5e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.12 
 
 		 528 aa  186  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.39 
 
 		 522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.75 
 
 		 522 aa  176  7e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 		 522 aa  176  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.03 
 
 		 522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 		 522 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.83 
 
 		 522 aa  170  7e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.83 
 
 		 522 aa  170  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 		 518 aa  169  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.04 
 
 		 527 aa  167  5e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 		 553 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 		 526 aa  163  6e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 		 522 aa  159  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.23 
 
 		 573 aa  157  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.68 
 
 		 523 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.09 
 
 		 573 aa  157  7e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 		 548 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.24 
 
 		 533 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.53 
 
 		 528 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 		 533 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 		 533 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.61 
 
 		 528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.26 
 
 		 526 aa  148  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 		 538 aa  147  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.59 
 
 		 589 aa  145  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.69 
 
 		 523 aa  144  5e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.86 
 
 		 545 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.41 
 
 		 561 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.04 
 
 		 549 aa  142  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 		 553 aa  141  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27 
 
 		 551 aa  141  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.44 
 
 		 573 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  26.16 
 
 		 591 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.88 
 
 		 592 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 		 547 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 534 aa  139  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 540 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.23 
 
 		 550 aa  138  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.88 
 
 		 556 aa  137  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 556 aa  137  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.52 
 
 		 614 aa  137  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.11 
 
 		 547 aa  136  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.55 
 
 		 547 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.67 
 
 		 592 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27 
 
 		 526 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.47 
 
 		 549 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.66 
 
 		 662 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.71 
 
 		 592 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.67 
 
 		 592 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>