More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2072 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69.23 
 
 		 522 aa  771    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.92 
 
 		 528 aa  728    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  73.41 
 
 		 522 aa  790    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  67.05 
 
 		 527 aa  731    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  67.88 
 
 		 522 aa  757    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.44 
 
 		 522 aa  775    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.08 
 
 		 523 aa  781    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.26 
 
 		 522 aa  763    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  67.31 
 
 		 528 aa  729    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.04 
 
 		 534 aa  690    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  100 
 
 		 523 aa  1088    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.48 
 
 		 526 aa  778    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  69.23 
 
 		 522 aa  771    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  67.24 
 
 		 522 aa  749    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.45 
 
 		 522 aa  777    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.65 
 
 		 527 aa  627  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  58.2 
 
 		 528 aa  607  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.47 
 
 		 518 aa  500  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.69 
 
 		 553 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.65 
 
 		 553 aa  268  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.79 
 
 		 547 aa  256  9e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 		 547 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.23 
 
 		 548 aa  249  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.15 
 
 		 573 aa  248  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  37.92 
 
 		 547 aa  247  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.79 
 
 		 556 aa  247  4.9999999999999997e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.24 
 
 		 548 aa  246  4.9999999999999997e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.58 
 
 		 550 aa  243  7.999999999999999e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.17 
 
 		 556 aa  236  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.17 
 
 		 556 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  37.3 
 
 		 563 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.24 
 
 		 573 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  37.3 
 
 		 563 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.28 
 
 		 526 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  37.3 
 
 		 563 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.17 
 
 		 526 aa  233  9e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.23 
 
 		 515 aa  226  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.59 
 
 		 531 aa  211  3e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.67 
 
 		 545 aa  206  7e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  30.73 
 
 		 549 aa  200  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  29.89 
 
 		 573 aa  193  7e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  29.89 
 
 		 573 aa  192  9e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  28 
 
 		 565 aa  192  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 		 563 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.84 
 
 		 549 aa  189  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.18 
 
 		 565 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 		 565 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.89 
 
 		 533 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.9 
 
 		 755 aa  182  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.26 
 
 		 566 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.75 
 
 		 579 aa  179  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.86 
 
 		 573 aa  176  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.26 
 
 		 594 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 		 567 aa  173  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 		 578 aa  172  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  27.34 
 
 		 561 aa  172  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 		 545 aa  171  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 		 561 aa  171  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 		 572 aa  171  3e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  28.03 
 
 		 594 aa  171  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.82 
 
 		 579 aa  171  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.67 
 
 		 558 aa  170  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.87 
 
 		 561 aa  170  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.41 
 
 		 573 aa  169  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 		 569 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 		 563 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.4 
 
 		 592 aa  166  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 		 545 aa  166  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.33 
 
 		 569 aa  166  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 		 566 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 		 572 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.67 
 
 		 582 aa  164  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.94 
 
 		 570 aa  163  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  29.12 
 
 		 591 aa  163  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 		 539 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.72 
 
 		 573 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 		 562 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.12 
 
 		 574 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 		 591 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.28 
 
 		 592 aa  162  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 		 581 aa  161  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.42 
 
 		 538 aa  160  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  28.02 
 
 		 591 aa  160  5e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.48 
 
 		 551 aa  158  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 579 aa  158  2e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.1 
 
 		 559 aa  158  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.2 
 
 		 589 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.63 
 
 		 570 aa  158  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.08 
 
 		 570 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.47 
 
 		 533 aa  158  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  28.4 
 
 		 594 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  28.96 
 
 		 594 aa  157  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 592 aa  157  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.52 
 
 		 592 aa  156  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.1 
 
 		 592 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  29.12 
 
 		 594 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  28.16 
 
 		 591 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>