255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3383 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2565  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  94.28 
 
 		 594 aa  1159    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.339235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 		 594 aa  1234    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  98.82 
 
 		 594 aa  1221    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.97 
 
 		 592 aa  696    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  99.33 
 
 		 594 aa  1226    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  89.56 
 
 		 594 aa  1136    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  75.64 
 
 		 592 aa  952    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  75.21 
 
 		 592 aa  944    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.38 
 
 		 592 aa  948    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1164  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.1 
 
 		 594 aa  811    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  74.87 
 
 		 592 aa  947    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  74.36 
 
 		 592 aa  930    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.09 
 
 		 592 aa  729    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  57.29 
 
 		 594 aa  706    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.1 
 
 		 591 aa  747    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.21 
 
 		 592 aa  944    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  75.59 
 
 		 591 aa  951    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2137  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  79.29 
 
 		 593 aa  999    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.9 
 
 		 592 aa  952    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  75.76 
 
 		 591 aa  942    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.21 
 
 		 592 aa  944    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.63 
 
 		 594 aa  706    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  75.76 
 
 		 591 aa  942    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3608  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.93 
 
 		 589 aa  613  9.999999999999999e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0579552  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  49.64 
 
 		 588 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3895  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.47 
 
 		 594 aa  558  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.241761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.37 
 
 		 590 aa  531  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.03 
 
 		 586 aa  517  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.62 
 
 		 589 aa  512  1e-144  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  43.95 
 
 		 591 aa  505  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  43.96 
 
 		 596 aa  496  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.43 
 
 		 586 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  40.96 
 
 		 573 aa  450  1e-125  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  40.96 
 
 		 573 aa  451  1e-125  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.92 
 
 		 553 aa  251  3e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.74 
 
 		 755 aa  212  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.47 
 
 		 550 aa  191  4e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.38 
 
 		 549 aa  179  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.3 
 
 		 522 aa  169  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.46 
 
 		 522 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.24 
 
 		 522 aa  166  9e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.24 
 
 		 522 aa  166  9e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.73 
 
 		 522 aa  164  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.69 
 
 		 573 aa  158  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  24.88 
 
 		 573 aa  154  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 		 527 aa  154  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.83 
 
 		 561 aa  152  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 		 522 aa  150  9e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 		 518 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  27.54 
 
 		 647 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.1 
 
 		 563 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.98 
 
 		 522 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  28.77 
 
 		 523 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.07 
 
 		 528 aa  147  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.17 
 
 		 522 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 		 572 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.91 
 
 		 527 aa  145  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 		 545 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.87 
 
 		 526 aa  143  9e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 		 582 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.58 
 
 		 528 aa  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 		 526 aa  140  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 		 572 aa  138  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26 
 
 		 528 aa  137  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.77 
 
 		 579 aa  136  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.12 
 
 		 567 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.77 
 
 		 545 aa  136  9.999999999999999e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.26 
 
 		 534 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.04 
 
 		 533 aa  134  3.9999999999999996e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.12 
 
 		 523 aa  134  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 		 581 aa  132  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 		 565 aa  131  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.62 
 
 		 561 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.75 
 
 		 566 aa  130  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 		 579 aa  126  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.01 
 
 		 578 aa  125  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.92 
 
 		 578 aa  124  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.21 
 
 		 579 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 		 556 aa  124  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.22 
 
 		 515 aa  124  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 		 573 aa  123  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.66 
 
 		 573 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.94 
 
 		 547 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 		 548 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  25.5 
 
 		 565 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.78 
 
 		 553 aa  121  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.63 
 
 		 549 aa  122  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.84 
 
 		 547 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.98 
 
 		 547 aa  120  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 		 526 aa  120  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.49 
 
 		 556 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  24.75 
 
 		 561 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  25.27 
 
 		 549 aa  117  5e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 		 563 aa  117  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  26.55 
 
 		 563 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  26.55 
 
 		 563 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.3 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  26.55 
 
 		 563 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.12 
 
 		 561 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 570 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>