255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4639 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  74.53 
 
 
594 aa  913    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  74.36 
 
 
594 aa  930    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.54 
 
 
592 aa  732    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.98 
 
 
592 aa  759    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  74.37 
 
 
594 aa  926    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  74.06 
 
 
594 aa  927    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  89.86 
 
 
592 aa  1126    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2565  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  74.87 
 
 
594 aa  920    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.339235  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  77.12 
 
 
591 aa  969    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
592 aa  1232    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1164  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  68.35 
 
 
594 aa  860    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  56.93 
 
 
594 aa  706    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2137  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  71.62 
 
 
593 aa  897    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.09 
 
 
591 aa  754    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  90.03 
 
 
592 aa  1124    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  78.81 
 
 
591 aa  975    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  90.03 
 
 
592 aa  1124    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  78.81 
 
 
591 aa  975    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  90.03 
 
 
592 aa  1124    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  90.03 
 
 
592 aa  1124    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  89.53 
 
 
592 aa  1120    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  90.02 
 
 
592 aa  1124    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.43 
 
 
594 aa  709    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3608  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.61 
 
 
589 aa  631  1e-179  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0579552  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  51.44 
 
 
588 aa  589  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3895  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.15 
 
 
594 aa  585  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.241761 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.88 
 
 
590 aa  522  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  43.97 
 
 
596 aa  518  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.52 
 
 
589 aa  515  1.0000000000000001e-145  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.39 
 
 
586 aa  513  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  42.57 
 
 
591 aa  505  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.02 
 
 
586 aa  495  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  39.9 
 
 
573 aa  436  1e-121  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  39.9 
 
 
573 aa  436  1e-121  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 
553 aa  234  2.0000000000000002e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.22 
 
 
755 aa  199  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.49 
 
 
550 aa  195  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.4 
 
 
549 aa  182  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.02 
 
 
522 aa  163  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.17 
 
 
561 aa  160  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.02 
 
 
522 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.02 
 
 
522 aa  159  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 
527 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.49 
 
 
563 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.87 
 
 
522 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 
572 aa  155  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  24.68 
 
 
573 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.23 
 
 
545 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.4 
 
 
526 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.62 
 
 
528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.56 
 
 
523 aa  148  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 
528 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.85 
 
 
522 aa  144  4e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 
526 aa  144  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.11 
 
 
573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.88 
 
 
561 aa  140  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.12 
 
 
527 aa  140  8.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.34 
 
 
528 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  26.21 
 
 
561 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
534 aa  135  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 
522 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.05 
 
 
566 aa  133  9e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 
522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 
523 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.34 
 
 
545 aa  131  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.94 
 
 
522 aa  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.93 
 
 
567 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.33 
 
 
565 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.02 
 
 
518 aa  130  7.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.79 
 
 
556 aa  128  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.58 
 
 
558 aa  126  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.45 
 
 
581 aa  126  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 
579 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 
533 aa  125  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.6 
 
 
549 aa  125  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  25.61 
 
 
647 aa  124  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  26.42 
 
 
549 aa  123  9.999999999999999e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.21 
 
 
570 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.79 
 
 
582 aa  120  6e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.75 
 
 
572 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.41 
 
 
561 aa  119  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.71 
 
 
572 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
556 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 
579 aa  118  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.6 
 
 
526 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 
573 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.64 
 
 
578 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.69 
 
 
547 aa  115  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 
573 aa  115  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 
547 aa  115  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.66 
 
 
553 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
579 aa  114  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.79 
 
 
573 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 
570 aa  114  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.89 
 
 
548 aa  113  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  24.53 
 
 
565 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.51 
 
 
566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 
570 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.49 
 
 
531 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.8 
 
 
578 aa  111  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>