More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0109 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  100 
 
 
573 aa  1191    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.08 
 
 
572 aa  632  1e-180  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.5 
 
 
563 aa  627  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.12 
 
 
561 aa  620  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  52.79 
 
 
549 aa  556  1e-157  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.71 
 
 
553 aa  300  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.92 
 
 
550 aa  249  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.63 
 
 
549 aa  245  1.9999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.75 
 
 
527 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.63 
 
 
553 aa  213  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.01 
 
 
522 aa  211  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.42 
 
 
522 aa  207  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.84 
 
 
522 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.84 
 
 
522 aa  204  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.14 
 
 
528 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.03 
 
 
528 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
527 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.64 
 
 
522 aa  198  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.08 
 
 
578 aa  192  2e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.35 
 
 
581 aa  191  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.81 
 
 
547 aa  190  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.33 
 
 
547 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
520 aa  187  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.33 
 
 
572 aa  187  4e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.07 
 
 
566 aa  187  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.19 
 
 
565 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.08 
 
 
522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 
545 aa  185  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29 
 
 
698 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
526 aa  184  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.86 
 
 
548 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.76 
 
 
531 aa  183  7e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 
522 aa  183  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.28 
 
 
573 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
565 aa  181  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.43 
 
 
579 aa  181  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.46 
 
 
573 aa  180  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.66 
 
 
755 aa  180  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
539 aa  180  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.07 
 
 
522 aa  180  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  30.04 
 
 
547 aa  180  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.53 
 
 
556 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.75 
 
 
584 aa  178  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  29.12 
 
 
539 aa  178  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
545 aa  178  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.44 
 
 
526 aa  179  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.64 
 
 
563 aa  178  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
556 aa  179  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.08 
 
 
539 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.08 
 
 
539 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.77 
 
 
526 aa  179  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  28.4 
 
 
521 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.08 
 
 
539 aa  178  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
582 aa  178  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 
570 aa  177  3e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  27.53 
 
 
647 aa  177  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.57 
 
 
548 aa  177  6e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.11 
 
 
573 aa  176  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  28.6 
 
 
549 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.57 
 
 
551 aa  176  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 
518 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.17 
 
 
523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.94 
 
 
540 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.43 
 
 
573 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.98 
 
 
533 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 
544 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  36.94 
 
 
528 aa  174  5.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 
536 aa  172  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.77 
 
 
566 aa  172  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  30.82 
 
 
563 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  30.82 
 
 
563 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.53 
 
 
534 aa  171  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  30.82 
 
 
563 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.58 
 
 
539 aa  170  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  27.75 
 
 
537 aa  170  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
539 aa  170  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.28 
 
 
516 aa  169  9e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  25.91 
 
 
534 aa  169  9e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.14 
 
 
592 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.37 
 
 
538 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 
512 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 
545 aa  169  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  27.34 
 
 
537 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  27.34 
 
 
537 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  27.34 
 
 
537 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  27.34 
 
 
537 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  26.26 
 
 
591 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  27.34 
 
 
537 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.79 
 
 
545 aa  167  4e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.34 
 
 
537 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.34 
 
 
537 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  26.26 
 
 
591 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
539 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.05 
 
 
552 aa  166  8e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.84 
 
 
570 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 
539 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27 
 
 
533 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.69 
 
 
572 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 
578 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  25.33 
 
 
596 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>