More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4037 on replicon NC_009430
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  100 
 
 
549 aa  1107    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.8 
 
 
545 aa  519  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.09 
 
 
527 aa  248  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.6 
 
 
553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.71 
 
 
545 aa  241  2e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.21 
 
 
553 aa  239  8e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.75 
 
 
526 aa  234  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.36 
 
 
523 aa  222  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  32.79 
 
 
528 aa  222  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.19 
 
 
531 aa  221  3e-56  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.15 
 
 
556 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.12 
 
 
522 aa  219  7.999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.07 
 
 
522 aa  218  2e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.21 
 
 
526 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  31.58 
 
 
522 aa  217  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.26 
 
 
573 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.99 
 
 
556 aa  213  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.14 
 
 
526 aa  213  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34 
 
 
522 aa  211  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.83 
 
 
573 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.41 
 
 
522 aa  206  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 
533 aa  205  2e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.67 
 
 
522 aa  204  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.63 
 
 
538 aa  202  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  34.23 
 
 
563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  34.23 
 
 
563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  34.23 
 
 
563 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.34 
 
 
518 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  33.41 
 
 
547 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  31.42 
 
 
523 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.44 
 
 
548 aa  197  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.09 
 
 
527 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.74 
 
 
547 aa  195  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.73 
 
 
548 aa  192  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 
545 aa  192  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.48 
 
 
556 aa  191  4e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.5 
 
 
547 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.27 
 
 
522 aa  189  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.73 
 
 
528 aa  189  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.27 
 
 
522 aa  189  9e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.89 
 
 
528 aa  189  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 
533 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  30.35 
 
 
551 aa  186  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.87 
 
 
533 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.87 
 
 
533 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.6 
 
 
573 aa  184  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.4 
 
 
536 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.27 
 
 
515 aa  182  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  29.53 
 
 
539 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.63 
 
 
540 aa  180  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
539 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
539 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
539 aa  180  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.92 
 
 
539 aa  178  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.72 
 
 
534 aa  178  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 
539 aa  177  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.61 
 
 
579 aa  176  8e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.06 
 
 
578 aa  176  8e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.12 
 
 
544 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.39 
 
 
578 aa  173  9e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 
534 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.95 
 
 
550 aa  172  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.04 
 
 
549 aa  171  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
581 aa  171  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.5 
 
 
525 aa  170  7e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 
552 aa  169  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  29.86 
 
 
537 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.95 
 
 
550 aa  169  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  29.62 
 
 
537 aa  168  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.16 
 
 
533 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.64 
 
 
572 aa  169  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 
563 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.73 
 
 
539 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 
539 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.14 
 
 
545 aa  165  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 
539 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.87 
 
 
561 aa  163  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 
584 aa  163  8.000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.55 
 
 
572 aa  159  9e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.66 
 
 
565 aa  157  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.23 
 
 
579 aa  155  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 
573 aa  154  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
561 aa  152  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  25.04 
 
 
565 aa  150  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
562 aa  149  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  24.61 
 
 
558 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 
566 aa  147  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  25.21 
 
 
561 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.26 
 
 
567 aa  145  2e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
582 aa  145  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.47 
 
 
563 aa  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.39 
 
 
698 aa  142  9.999999999999999e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.47 
 
 
561 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 
570 aa  142  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>