More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2982 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  75.14 
 
 
561 aa  907    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
572 aa  1188    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.72 
 
 
563 aa  925    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  56.08 
 
 
573 aa  632  1e-180  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  47.93 
 
 
549 aa  486  1e-136  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.3 
 
 
553 aa  270  5e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.51 
 
 
549 aa  216  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.63 
 
 
550 aa  207  5e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.84 
 
 
527 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 
528 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.98 
 
 
528 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 
522 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
527 aa  195  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.29 
 
 
522 aa  194  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.45 
 
 
522 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.45 
 
 
522 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  29.89 
 
 
521 aa  191  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.97 
 
 
545 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 
755 aa  190  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.03 
 
 
501 aa  189  9e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.76 
 
 
522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 
534 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.95 
 
 
534 aa  184  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 
553 aa  183  9.000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.87 
 
 
534 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  29.53 
 
 
534 aa  182  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 
522 aa  180  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
556 aa  179  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
556 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 
565 aa  178  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 
533 aa  178  3e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.68 
 
 
528 aa  177  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.65 
 
 
522 aa  177  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 
548 aa  176  7e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.82 
 
 
516 aa  176  8e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  29.05 
 
 
547 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.72 
 
 
526 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.06 
 
 
526 aa  175  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.01 
 
 
547 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 
522 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 
518 aa  174  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  26.49 
 
 
596 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.01 
 
 
545 aa  171  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.26 
 
 
526 aa  171  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 
524 aa  170  7e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.96 
 
 
547 aa  169  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.12 
 
 
531 aa  168  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.96 
 
 
511 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 
533 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 
534 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.78 
 
 
524 aa  166  8e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  30.1 
 
 
549 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 
533 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
534 aa  162  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 
533 aa  163  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.31 
 
 
556 aa  162  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.26 
 
 
570 aa  161  3e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 
547 aa  161  3e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 
523 aa  161  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.72 
 
 
578 aa  161  3e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.66 
 
 
592 aa  161  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.23 
 
 
544 aa  161  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.79 
 
 
592 aa  161  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
581 aa  160  6e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.66 
 
 
592 aa  160  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  28.87 
 
 
528 aa  160  7e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.67 
 
 
698 aa  160  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.66 
 
 
592 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.86 
 
 
579 aa  159  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  29.59 
 
 
563 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  29.59 
 
 
563 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  29.59 
 
 
563 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 
578 aa  157  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.59 
 
 
592 aa  157  5.0000000000000005e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 
592 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 
592 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.54 
 
 
592 aa  157  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.26 
 
 
536 aa  156  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.79 
 
 
534 aa  156  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  27.26 
 
 
539 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.88 
 
 
538 aa  155  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.3 
 
 
533 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.67 
 
 
512 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  27.66 
 
 
502 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.03 
 
 
592 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  27.66 
 
 
510 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.53 
 
 
548 aa  154  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
540 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
573 aa  153  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.34 
 
 
515 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 
584 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
545 aa  152  2e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
579 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.21 
 
 
504 aa  152  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4426  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 
579 aa  152  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.68 
 
 
573 aa  151  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.64 
 
 
523 aa  150  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 
563 aa  150  8e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.51 
 
 
591 aa  149  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  26.88 
 
 
591 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>