More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1534 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  99.8 
 
 
502 aa  1030    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
510 aa  1046    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  51.94 
 
 
534 aa  494  9.999999999999999e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  50.47 
 
 
528 aa  469  1.0000000000000001e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  49.8 
 
 
521 aa  459  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.74 
 
 
534 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.74 
 
 
534 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.02 
 
 
534 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.08 
 
 
524 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.17 
 
 
516 aa  434  1e-120  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.04 
 
 
506 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.7 
 
 
520 aa  415  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.51 
 
 
547 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.51 
 
 
518 aa  407  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.64 
 
 
524 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.6 
 
 
534 aa  390  1e-107  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.87 
 
 
501 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  46.79 
 
 
489 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.43 
 
 
512 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.63 
 
 
512 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.4 
 
 
526 aa  368  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  42.15 
 
 
506 aa  356  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41 
 
 
506 aa  354  2e-96  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.98 
 
 
494 aa  354  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  41.92 
 
 
494 aa  343  2.9999999999999997e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  40.54 
 
 
502 aa  303  4.0000000000000003e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  34.94 
 
 
522 aa  295  9e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.45 
 
 
511 aa  213  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.62 
 
 
504 aa  200  5e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.4 
 
 
545 aa  191  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.89 
 
 
553 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.92 
 
 
561 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.44 
 
 
572 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.35 
 
 
532 aa  176  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 
563 aa  174  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.41 
 
 
573 aa  170  7e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.72 
 
 
550 aa  164  3e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.57 
 
 
549 aa  156  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
563 aa  154  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 
527 aa  146  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.33 
 
 
544 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.38 
 
 
533 aa  145  2e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  27.54 
 
 
549 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.04 
 
 
570 aa  142  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
563 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.75 
 
 
515 aa  140  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.7 
 
 
553 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 
531 aa  138  2e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.51 
 
 
522 aa  137  5e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.51 
 
 
522 aa  137  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.88 
 
 
528 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
755 aa  136  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
522 aa  136  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.52 
 
 
522 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.63 
 
 
528 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  26.7 
 
 
647 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.31 
 
 
528 aa  135  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.88 
 
 
527 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.11 
 
 
526 aa  133  9e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.72 
 
 
698 aa  132  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
548 aa  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 
534 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.66 
 
 
556 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  29.69 
 
 
547 aa  130  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.66 
 
 
556 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
518 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  31.42 
 
 
563 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  31.42 
 
 
563 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  31.42 
 
 
563 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 
559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
547 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.84 
 
 
573 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 
526 aa  128  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.27 
 
 
556 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.56 
 
 
572 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 
566 aa  127  5e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.47 
 
 
526 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 
569 aa  127  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.22 
 
 
545 aa  126  8.000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.22 
 
 
566 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.54 
 
 
547 aa  125  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 
522 aa  124  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  25.31 
 
 
596 aa  123  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  25.4 
 
 
558 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.77 
 
 
562 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.93 
 
 
536 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.39 
 
 
522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
540 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.37 
 
 
533 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.04 
 
 
570 aa  120  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
565 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.05 
 
 
523 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.66 
 
 
560 aa  120  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  27.4 
 
 
539 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 
534 aa  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
533 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
533 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.81 
 
 
539 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 
582 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 
573 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>