More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0493 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 532 aa  1075    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.76 
 
 		 534 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.57 
 
 		 534 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.57 
 
 		 534 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.51 
 
 		 518 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  30.25 
 
 		 534 aa  205  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.8 
 
 		 504 aa  203  6e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.17 
 
 		 512 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 		 512 aa  197  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.83 
 
 		 547 aa  194  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  31.63 
 
 		 494 aa  192  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.49 
 
 		 534 aa  189  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.89 
 
 		 501 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.64 
 
 		 494 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  31.09 
 
 		 506 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  32.82 
 
 		 489 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.1 
 
 		 516 aa  181  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 		 511 aa  179  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  32.35 
 
 		 502 aa  179  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 		 510 aa  178  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.77 
 
 		 524 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  29.1 
 
 		 528 aa  174  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.22 
 
 		 520 aa  172  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.88 
 
 		 524 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  30.07 
 
 		 521 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.54 
 
 		 526 aa  161  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.34 
 
 		 506 aa  160  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.32 
 
 		 506 aa  150  7e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.08 
 
 		 525 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.82 
 
 		 573 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  28.62 
 
 		 539 aa  147  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 		 536 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.81 
 
 		 540 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.64 
 
 		 563 aa  144  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.12 
 
 		 561 aa  144  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 		 545 aa  143  7e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.21 
 
 		 533 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 		 550 aa  141  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.15 
 
 		 544 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.58 
 
 		 533 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.36 
 
 		 539 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  22.67 
 
 		 522 aa  137  4e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.4 
 
 		 533 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.4 
 
 		 533 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 		 527 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.85 
 
 		 533 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.31 
 
 		 539 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.31 
 
 		 539 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.31 
 
 		 539 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 		 572 aa  134  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.06 
 
 		 531 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.41 
 
 		 566 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.52 
 
 		 570 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  27.09 
 
 		 502 aa  130  5.0000000000000004e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  26.16 
 
 		 537 aa  130  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.58 
 
 		 558 aa  130  6e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 		 538 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  127  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.5 
 
 		 563 aa  127  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 		 539 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.08 
 
 		 570 aa  126  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.39 
 
 		 570 aa  126  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.12 
 
 		 566 aa  125  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 573 aa  125  3e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 		 569 aa  124  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 		 556 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.24 
 
 		 534 aa  124  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.71 
 
 		 556 aa  124  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.68 
 
 		 570 aa  123  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.35 
 
 		 570 aa  123  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 		 567 aa  122  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.09 
 
 		 526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.27 
 
 		 528 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.95 
 
 		 549 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  25.04 
 
 		 561 aa  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.91 
 
 		 565 aa  120  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.08 
 
 		 579 aa  119  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 539 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.83 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.91 
 
 		 548 aa  118  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.64 
 
 		 539 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.89 
 
 		 569 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  25.97 
 
 		 573 aa  117  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.86 
 
 		 539 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 		 526 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 		 573 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.42 
 
 		 522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.89 
 
 		 560 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.42 
 
 		 522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.77 
 
 		 573 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 553 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.12 
 
 		 549 aa  114  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.95 
 
 		 522 aa  113  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.49 
 
 		 518 aa  113  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>