More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1064 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 525 aa  1063    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.84 
 
 		 556 aa  288  2e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.92 
 
 		 553 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.77 
 
 		 526 aa  258  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.08 
 
 		 556 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.08 
 
 		 556 aa  250  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.49 
 
 		 526 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.58 
 
 		 573 aa  236  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  34.38 
 
 		 547 aa  232  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.99 
 
 		 548 aa  229  7e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.4 
 
 		 547 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.21 
 
 		 515 aa  228  2e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.79 
 
 		 573 aa  226  7e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.49 
 
 		 547 aa  226  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  33.98 
 
 		 563 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  33.98 
 
 		 563 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  33.98 
 
 		 563 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.22 
 
 		 545 aa  213  7.999999999999999e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.24 
 
 		 548 aa  210  6e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.78 
 
 		 533 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.32 
 
 		 531 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 		 544 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.47 
 
 		 538 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.51 
 
 		 536 aa  194  3e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  30.5 
 
 		 539 aa  193  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.19 
 
 		 540 aa  193  7e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 		 539 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 		 539 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 		 539 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.53 
 
 		 549 aa  191  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.94 
 
 		 539 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.85 
 
 		 550 aa  191  4e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.33 
 
 		 545 aa  188  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.54 
 
 		 527 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 		 539 aa  183  7e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.49 
 
 		 553 aa  182  9.000000000000001e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.74 
 
 		 533 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  30.73 
 
 		 537 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.59 
 
 		 533 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.59 
 
 		 533 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.23 
 
 		 533 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  30.71 
 
 		 537 aa  181  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  30.71 
 
 		 537 aa  181  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  30.71 
 
 		 537 aa  181  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  30.52 
 
 		 537 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  30.52 
 
 		 537 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  30.52 
 
 		 537 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  30.52 
 
 		 537 aa  179  7e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.86 
 
 		 534 aa  179  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.47 
 
 		 528 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.48 
 
 		 539 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29.93 
 
 		 549 aa  179  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.81 
 
 		 539 aa  178  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 539 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.47 
 
 		 561 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.62 
 
 		 551 aa  175  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 		 518 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.74 
 
 		 545 aa  174  2.9999999999999996e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.85 
 
 		 563 aa  172  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.34 
 
 		 522 aa  168  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.93 
 
 		 550 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.56 
 
 		 755 aa  166  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.14 
 
 		 528 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.08 
 
 		 526 aa  165  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.01 
 
 		 522 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.61 
 
 		 522 aa  163  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.06 
 
 		 698 aa  162  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.04 
 
 		 552 aa  161  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.39 
 
 		 528 aa  160  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.97 
 
 		 522 aa  157  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.97 
 
 		 522 aa  157  6e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.39 
 
 		 573 aa  156  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  31.02 
 
 		 539 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 527 aa  152  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 		 534 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 		 523 aa  152  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 		 511 aa  150  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.54 
 
 		 545 aa  150  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.8 
 
 		 578 aa  150  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.81 
 
 		 534 aa  150  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.81 
 
 		 534 aa  150  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 		 572 aa  147  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.81 
 
 		 548 aa  146  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.4 
 
 		 563 aa  144  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.84 
 
 		 532 aa  143  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.14 
 
 		 573 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.37 
 
 		 614 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.13 
 
 		 522 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.06 
 
 		 752 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.14 
 
 		 573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 		 562 aa  141  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  25.9 
 
 		 752 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.89 
 
 		 523 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28 
 
 		 522 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.44 
 
 		 560 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28 
 
 		 534 aa  139  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 		 752 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 		 522 aa  139  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.39 
 
 		 566 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.31 
 
 		 579 aa  137  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>