More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1856 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1534  FAD dependent oxidoreductase  99.8 
 
 
510 aa  1030    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419811  normal  0.0375492 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1856  dehydrogenase, homolog  100 
 
 
502 aa  1032    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  51.66 
 
 
534 aa  490  1e-137  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  50 
 
 
528 aa  468  9.999999999999999e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  49.8 
 
 
521 aa  458  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.71 
 
 
534 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.71 
 
 
534 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.08 
 
 
524 aa  436  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.98 
 
 
534 aa  438  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.07 
 
 
516 aa  431  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.04 
 
 
506 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.41 
 
 
520 aa  411  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.51 
 
 
518 aa  408  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.22 
 
 
547 aa  403  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.64 
 
 
524 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.611516 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.76 
 
 
534 aa  387  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.32 
 
 
512 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 
501 aa  382  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  46.46 
 
 
489 aa  376  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.51 
 
 
512 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.75 
 
 
526 aa  365  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178313  normal  0.0692225 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  42.03 
 
 
506 aa  354  2.9999999999999997e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0875  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.98 
 
 
494 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0584365  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.69 
 
 
506 aa  351  2e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  41.92 
 
 
494 aa  343  2.9999999999999997e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0978  hypothetical protein  38.96 
 
 
502 aa  300  3e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.667371  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  34.82 
 
 
522 aa  293  4e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.13 
 
 
511 aa  209  8e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.62 
 
 
504 aa  199  7e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.89 
 
 
553 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 
545 aa  188  2e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.98 
 
 
561 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.32 
 
 
572 aa  179  8e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0493  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.35 
 
 
532 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 
563 aa  170  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.42 
 
 
573 aa  167  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.47 
 
 
550 aa  161  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.57 
 
 
549 aa  156  9e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.81 
 
 
563 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 
533 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 
527 aa  143  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.75 
 
 
515 aa  140  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 
570 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  27.22 
 
 
549 aa  139  1e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.81 
 
 
544 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.78 
 
 
553 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.49 
 
 
563 aa  137  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.31 
 
 
528 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.27 
 
 
531 aa  134  3e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.29 
 
 
522 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.29 
 
 
522 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 
528 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.97 
 
 
522 aa  133  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  26.58 
 
 
647 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.32 
 
 
528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.69 
 
 
527 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.72 
 
 
698 aa  131  2.0000000000000002e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.13 
 
 
755 aa  132  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.02 
 
 
526 aa  131  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.04 
 
 
522 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  29.69 
 
 
547 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.54 
 
 
556 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  31.42 
 
 
563 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  31.42 
 
 
563 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
547 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  31.42 
 
 
563 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.53 
 
 
518 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.54 
 
 
556 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.84 
 
 
573 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 
526 aa  128  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.34 
 
 
526 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 
534 aa  127  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.87 
 
 
548 aa  127  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
559 aa  126  9e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 
572 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.54 
 
 
547 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.25 
 
 
556 aa  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 
569 aa  124  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.85 
 
 
566 aa  125  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 
566 aa  123  9e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.33 
 
 
522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.05 
 
 
523 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  25.31 
 
 
558 aa  120  7e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 
562 aa  120  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.52 
 
 
545 aa  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.08 
 
 
522 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 
560 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  24.87 
 
 
596 aa  119  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 
570 aa  118  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.58 
 
 
540 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 
573 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.82 
 
 
545 aa  117  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  28.11 
 
 
549 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 
548 aa  116  7.999999999999999e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 
565 aa  116  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 
582 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  27.14 
 
 
539 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.59 
 
 
536 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  26.65 
 
 
522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.55 
 
 
548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>