More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1208 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
559 aa  1165    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.36 
 
 
560 aa  670    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.96 
 
 
563 aa  634  1e-180  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.21 
 
 
562 aa  596  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.23 
 
 
572 aa  571  1e-161  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.51 
 
 
573 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 
567 aa  556  1e-157  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.98 
 
 
566 aa  557  1e-157  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.38 
 
 
566 aa  545  1e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.93 
 
 
565 aa  536  1e-151  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.71 
 
 
563 aa  532  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.2 
 
 
572 aa  530  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  48.58 
 
 
565 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.98 
 
 
570 aa  514  1e-144  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  47.77 
 
 
561 aa  510  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.13 
 
 
561 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.88 
 
 
561 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.29 
 
 
574 aa  504  1e-141  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  43.79 
 
 
558 aa  494  9.999999999999999e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.28 
 
 
569 aa  491  1e-137  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  45.22 
 
 
574 aa  489  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.04 
 
 
579 aa  490  1e-137  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.48 
 
 
570 aa  487  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.23 
 
 
582 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  46.11 
 
 
570 aa  480  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.02 
 
 
570 aa  478  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.07 
 
 
570 aa  475  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  43.49 
 
 
573 aa  472  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.63 
 
 
569 aa  463  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.99 
 
 
573 aa  459  9.999999999999999e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.19 
 
 
570 aa  451  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.55 
 
 
565 aa  280  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.46 
 
 
581 aa  271  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.3 
 
 
579 aa  269  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.1 
 
 
579 aa  267  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.42 
 
 
578 aa  265  1e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  32.39 
 
 
550 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.45 
 
 
584 aa  263  4.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.61 
 
 
578 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.3 
 
 
546 aa  228  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.5 
 
 
551 aa  226  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.77 
 
 
546 aa  224  3e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.95 
 
 
546 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.47 
 
 
546 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  30.43 
 
 
551 aa  216  5.9999999999999996e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.84 
 
 
549 aa  216  8e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 
527 aa  216  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  30.58 
 
 
547 aa  212  2e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.24 
 
 
547 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.43 
 
 
547 aa  210  5e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.42 
 
 
528 aa  201  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.22 
 
 
522 aa  192  1e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.83 
 
 
526 aa  190  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.57 
 
 
522 aa  187  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.52 
 
 
522 aa  187  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  31.57 
 
 
522 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 
527 aa  184  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.53 
 
 
522 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.53 
 
 
522 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.17 
 
 
523 aa  177  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.11 
 
 
553 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.62 
 
 
522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 
518 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
548 aa  173  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.47 
 
 
528 aa  171  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
553 aa  171  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.26 
 
 
545 aa  166  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.02 
 
 
522 aa  166  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.34 
 
 
528 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.6 
 
 
573 aa  160  7e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.61 
 
 
523 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 
545 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.2 
 
 
561 aa  150  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 
550 aa  149  1.0000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.71 
 
 
538 aa  148  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.38 
 
 
572 aa  148  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 
540 aa  146  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.76 
 
 
549 aa  146  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.52 
 
 
536 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.15 
 
 
573 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.04 
 
 
551 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 
563 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.2 
 
 
573 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
533 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
533 aa  141  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 
533 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  26.47 
 
 
537 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.31 
 
 
533 aa  139  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.09 
 
 
534 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.62 
 
 
614 aa  139  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.57 
 
 
515 aa  139  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 
755 aa  138  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.62 
 
 
526 aa  138  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  27.08 
 
 
596 aa  137  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.05 
 
 
534 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 
531 aa  136  9.999999999999999e-31  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.81 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.81 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.81 
 
 
539 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 
539 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>