298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMN2A_0088 on replicon NC_007335
Organism: Prochlorococcus marinus str. NATL2A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  100 
 
 
547 aa  1124    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  57.27 
 
 
549 aa  647    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  97.99 
 
 
547 aa  1106    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  55.54 
 
 
551 aa  667    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  53.42 
 
 
546 aa  595  1e-168  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  52.96 
 
 
546 aa  582  1.0000000000000001e-165  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  53.16 
 
 
546 aa  582  1.0000000000000001e-165  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  53.89 
 
 
546 aa  571  1e-161  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  49.36 
 
 
551 aa  551  1e-155  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  48.8 
 
 
547 aa  536  1e-151  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.23 
 
 
572 aa  252  1e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  31.08 
 
 
565 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  31.89 
 
 
558 aa  246  9.999999999999999e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.36 
 
 
563 aa  244  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.49 
 
 
573 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.67 
 
 
561 aa  233  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  26.02 
 
 
550 aa  226  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  30 
 
 
561 aa  222  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.09 
 
 
566 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 
570 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.73 
 
 
566 aa  221  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.63 
 
 
561 aa  218  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.13 
 
 
562 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.11 
 
 
572 aa  217  5.9999999999999996e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.5 
 
 
567 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 
569 aa  210  5e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.43 
 
 
559 aa  208  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 
560 aa  207  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.67 
 
 
570 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.71 
 
 
570 aa  206  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 
582 aa  203  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  30.24 
 
 
574 aa  202  9e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.06 
 
 
565 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 
563 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  27.13 
 
 
570 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 
570 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
574 aa  197  5.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  27.67 
 
 
573 aa  195  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 
579 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.11 
 
 
573 aa  186  9e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 
569 aa  177  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.69 
 
 
570 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.53 
 
 
565 aa  154  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.29 
 
 
579 aa  147  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 
581 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.03 
 
 
578 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.97 
 
 
579 aa  139  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.72 
 
 
578 aa  123  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.36 
 
 
584 aa  122  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.96 
 
 
553 aa  120  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 
550 aa  119  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.16 
 
 
548 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.69 
 
 
527 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  23.68 
 
 
547 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  22.84 
 
 
534 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.29 
 
 
522 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.02 
 
 
548 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.29 
 
 
522 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  24.63 
 
 
573 aa  105  3e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  24.87 
 
 
522 aa  105  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.52 
 
 
527 aa  104  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.62 
 
 
547 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.34 
 
 
534 aa  103  9e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.93 
 
 
534 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.93 
 
 
534 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.82 
 
 
515 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.78 
 
 
553 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  24.47 
 
 
573 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  22.16 
 
 
549 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.1 
 
 
534 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  22.98 
 
 
528 aa  101  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.59 
 
 
547 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  22.22 
 
 
551 aa  99.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  19.83 
 
 
545 aa  100  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.75 
 
 
531 aa  99.8  1e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.82 
 
 
533 aa  98.6  3e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  22.36 
 
 
563 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  22.7 
 
 
506 aa  96.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  22.36 
 
 
563 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.55 
 
 
556 aa  96.3  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  22.36 
 
 
563 aa  96.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.84 
 
 
545 aa  96.3  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  22.93 
 
 
522 aa  96.3  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  20.82 
 
 
556 aa  95.5  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.99 
 
 
548 aa  95.1  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  21.44 
 
 
528 aa  95.1  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  22.8 
 
 
526 aa  95.1  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.22 
 
 
556 aa  94  6e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.37 
 
 
526 aa  94  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.51 
 
 
522 aa  93.2  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.71 
 
 
662 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.32 
 
 
518 aa  92.8  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.62 
 
 
528 aa  91.3  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.26 
 
 
522 aa  90.9  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.24 
 
 
512 aa  90.5  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2044  GMC family oxidoreductase  22.89 
 
 
494 aa  90.1  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.99 
 
 
545 aa  88.2  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.01 
 
 
523 aa  87.4  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.68 
 
 
534 aa  87.8  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.16 
 
 
552 aa  87.8  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>