More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4714 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.62 
 
 		 570 aa  935    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  69.28 
 
 		 573 aa  853    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  71.73 
 
 		 569 aa  885    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  68.13 
 
 		 570 aa  857    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.62 
 
 		 570 aa  790    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 570 aa  1203    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  53.24 
 
 		 565 aa  619  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.31 
 
 		 565 aa  608  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.39 
 
 		 566 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.57 
 
 		 582 aa  595  1e-169  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.87 
 
 		 567 aa  587  1e-166  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.26 
 
 		 572 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.48 
 
 		 573 aa  580  1e-164  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.35 
 
 		 566 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.61 
 
 		 574 aa  573  1.0000000000000001e-162  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.87 
 
 		 572 aa  566  1e-160  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.26 
 
 		 573 aa  566  1e-160  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.56 
 
 		 579 aa  554  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.3 
 
 		 570 aa  553  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.34 
 
 		 570 aa  553  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.69 
 
 		 561 aa  545  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  48.41 
 
 		 558 aa  546  1e-154  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  48.4 
 
 		 561 aa  537  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.4 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.94 
 
 		 569 aa  530  1e-149  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  48.24 
 
 		 574 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.23 
 
 		 563 aa  476  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.12 
 
 		 560 aa  475  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.04 
 
 		 563 aa  468  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 		 562 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.19 
 
 		 559 aa  448  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.43 
 
 		 578 aa  251  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.77 
 
 		 579 aa  250  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.81 
 
 		 579 aa  249  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  29.23 
 
 		 550 aa  234  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.69 
 
 		 581 aa  231  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.13 
 
 		 578 aa  231  3e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.84 
 
 		 565 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.51 
 
 		 584 aa  219  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.62 
 
 		 546 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.99 
 
 		 546 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.92 
 
 		 546 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.65 
 
 		 546 aa  204  5e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.38 
 
 		 547 aa  198  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.47 
 
 		 551 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.7 
 
 		 547 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.42 
 
 		 528 aa  194  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 		 527 aa  186  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.87 
 
 		 549 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  27.07 
 
 		 547 aa  176  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 		 527 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  27.32 
 
 		 551 aa  172  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.91 
 
 		 522 aa  170  7e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 		 526 aa  167  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.69 
 
 		 522 aa  163  8.000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.97 
 
 		 522 aa  163  9e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.97 
 
 		 522 aa  163  9e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 		 523 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.18 
 
 		 528 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.76 
 
 		 522 aa  159  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 		 528 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.73 
 
 		 522 aa  159  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.63 
 
 		 553 aa  158  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.73 
 
 		 522 aa  158  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 518 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.17 
 
 		 522 aa  155  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.96 
 
 		 589 aa  152  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.68 
 
 		 523 aa  150  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.03 
 
 		 550 aa  143  7e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 		 553 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  25.55 
 
 		 591 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  25.59 
 
 		 573 aa  138  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.43 
 
 		 573 aa  137  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  25 
 
 		 573 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.93 
 
 		 549 aa  131  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.77 
 
 		 526 aa  130  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26 
 
 		 590 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 538 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 548 aa  128  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  24.71 
 
 		 596 aa  127  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  24.74 
 
 		 551 aa  127  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 556 aa  126  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.11 
 
 		 547 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.71 
 
 		 586 aa  125  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 		 545 aa  125  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 526 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.79 
 
 		 534 aa  124  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.76 
 
 		 548 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.87 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.08 
 
 		 556 aa  122  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.52 
 
 		 511 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.27 
 
 		 547 aa  120  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.85 
 
 		 572 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.96 
 
 		 592 aa  117  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.62 
 
 		 591 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 		 548 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.24 
 
 		 525 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  23.72 
 
 		 539 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  26.1 
 
 		 563 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  26.54 
 
 		 563 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>