270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6353 on replicon NC_012854
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  100 
 
 
550 aa  1125    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.11 
 
 
572 aa  296  5e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.68 
 
 
563 aa  277  4e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.11 
 
 
573 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.62 
 
 
569 aa  267  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.5 
 
 
566 aa  267  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.73 
 
 
566 aa  264  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.86 
 
 
549 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.41 
 
 
582 aa  260  5.0000000000000005e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.82 
 
 
562 aa  259  8e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.39 
 
 
559 aa  259  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  32.2 
 
 
551 aa  259  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.5 
 
 
567 aa  257  5e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.86 
 
 
546 aa  256  8e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.36 
 
 
546 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  30.68 
 
 
565 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.54 
 
 
546 aa  254  3e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.79 
 
 
560 aa  252  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.59 
 
 
565 aa  252  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  30.16 
 
 
561 aa  250  5e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.8 
 
 
572 aa  247  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.41 
 
 
561 aa  247  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.98 
 
 
546 aa  247  4e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30 
 
 
570 aa  244  3e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.18 
 
 
570 aa  241  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  29.65 
 
 
574 aa  241  2.9999999999999997e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.76 
 
 
574 aa  240  4e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  30.33 
 
 
573 aa  236  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.49 
 
 
561 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.23 
 
 
570 aa  234  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  29.9 
 
 
558 aa  234  3e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.31 
 
 
570 aa  233  6e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.45 
 
 
563 aa  232  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.78 
 
 
579 aa  227  4e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  30.86 
 
 
547 aa  227  4e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.02 
 
 
547 aa  226  7e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  30.39 
 
 
551 aa  226  7e-58  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  25.84 
 
 
547 aa  225  2e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  28.55 
 
 
570 aa  218  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.19 
 
 
573 aa  216  8e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.98 
 
 
570 aa  213  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.23 
 
 
565 aa  199  9e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.86 
 
 
579 aa  197  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.87 
 
 
578 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.28 
 
 
579 aa  196  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.16 
 
 
581 aa  193  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
569 aa  191  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.07 
 
 
578 aa  182  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.55 
 
 
584 aa  159  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.88 
 
 
527 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.84 
 
 
528 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
545 aa  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.51 
 
 
522 aa  131  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 
545 aa  130  5.0000000000000004e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.93 
 
 
534 aa  130  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.75 
 
 
533 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 
531 aa  125  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 
550 aa  125  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.37 
 
 
522 aa  124  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.29 
 
 
556 aa  123  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 
527 aa  120  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  25.21 
 
 
522 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.58 
 
 
522 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.63 
 
 
538 aa  118  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  26.06 
 
 
523 aa  116  8.999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.07 
 
 
526 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.2 
 
 
573 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.15 
 
 
614 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  24.53 
 
 
551 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.27 
 
 
548 aa  114  6e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.95 
 
 
549 aa  113  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 
539 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.6 
 
 
556 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  22.91 
 
 
752 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.57 
 
 
522 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 
553 aa  111  3e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.56 
 
 
539 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.56 
 
 
539 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.57 
 
 
522 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.56 
 
 
539 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.96 
 
 
548 aa  111  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 
540 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.38 
 
 
752 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  25.36 
 
 
522 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.04 
 
 
518 aa  110  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.24 
 
 
523 aa  110  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 
522 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.39 
 
 
528 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  24.07 
 
 
662 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.74 
 
 
536 aa  107  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.65 
 
 
752 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.66 
 
 
515 aa  106  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  23.61 
 
 
528 aa  105  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  24.23 
 
 
539 aa  105  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
755 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.47 
 
 
556 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.77 
 
 
662 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.5 
 
 
547 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.48 
 
 
662 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
553 aa  103  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>