More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0330 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.12 
 
 
570 aa  744    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.13 
 
 
570 aa  857    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  68.13 
 
 
570 aa  848    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.18 
 
 
569 aa  847    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  64.63 
 
 
573 aa  802    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  100 
 
 
570 aa  1202    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.24 
 
 
565 aa  624  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  53.32 
 
 
565 aa  614  9.999999999999999e-175  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.44 
 
 
566 aa  605  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.53 
 
 
572 aa  601  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.79 
 
 
566 aa  595  1e-169  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.48 
 
 
572 aa  596  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.08 
 
 
573 aa  595  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.61 
 
 
567 aa  591  1e-167  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.65 
 
 
574 aa  580  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  50.18 
 
 
561 aa  577  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.7 
 
 
570 aa  570  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.98 
 
 
561 aa  567  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.38 
 
 
582 aa  564  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.44 
 
 
570 aa  559  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.02 
 
 
561 aa  558  1e-157  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.71 
 
 
579 aa  554  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  50 
 
 
558 aa  549  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.61 
 
 
573 aa  541  9.999999999999999e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 
569 aa  541  9.999999999999999e-153  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  47.9 
 
 
574 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.45 
 
 
562 aa  490  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.83 
 
 
563 aa  484  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.11 
 
 
559 aa  477  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.42 
 
 
560 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.05 
 
 
563 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.82 
 
 
579 aa  253  6e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.72 
 
 
578 aa  247  4.9999999999999997e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.94 
 
 
579 aa  238  3e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.96 
 
 
565 aa  237  4e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  28.55 
 
 
550 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.17 
 
 
527 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.49 
 
 
546 aa  218  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.06 
 
 
581 aa  217  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.77 
 
 
528 aa  215  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.92 
 
 
578 aa  213  7.999999999999999e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.07 
 
 
584 aa  208  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.62 
 
 
546 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.14 
 
 
546 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.91 
 
 
551 aa  204  3e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.92 
 
 
546 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.13 
 
 
547 aa  199  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.26 
 
 
547 aa  197  3e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.65 
 
 
549 aa  196  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.5 
 
 
522 aa  192  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  30.86 
 
 
547 aa  191  2.9999999999999997e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.92 
 
 
527 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.49 
 
 
522 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  28.52 
 
 
551 aa  181  2e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.55 
 
 
522 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.55 
 
 
522 aa  179  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  31.03 
 
 
522 aa  177  4e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.08 
 
 
526 aa  175  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.6 
 
 
522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.03 
 
 
553 aa  171  4e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.09 
 
 
553 aa  170  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.13 
 
 
522 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.07 
 
 
528 aa  167  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.02 
 
 
528 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.84 
 
 
573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
523 aa  160  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.42 
 
 
518 aa  160  8e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.94 
 
 
523 aa  154  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 
550 aa  151  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.24 
 
 
589 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.9 
 
 
572 aa  146  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 
522 aa  145  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  28.01 
 
 
573 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.66 
 
 
573 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.66 
 
 
548 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.79 
 
 
549 aa  135  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.05 
 
 
534 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  26.04 
 
 
591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  26.36 
 
 
551 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.21 
 
 
561 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.52 
 
 
590 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.12 
 
 
547 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.17 
 
 
548 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
556 aa  126  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.74 
 
 
538 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.84 
 
 
556 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.17 
 
 
526 aa  125  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.37 
 
 
526 aa  124  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.49 
 
 
592 aa  122  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  23.88 
 
 
549 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 
547 aa  120  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.77 
 
 
545 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  25.93 
 
 
596 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.56 
 
 
545 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.51 
 
 
563 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.51 
 
 
563 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.09 
 
 
586 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.51 
 
 
563 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.76 
 
 
586 aa  118  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.62 
 
 
563 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>