More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0728 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 518 aa  1071    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  51.84 
 
 		 522 aa  538  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.8 
 
 		 522 aa  534  1e-150  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.16 
 
 		 528 aa  530  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  50 
 
 		 528 aa  525  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.55 
 
 		 522 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  51.93 
 
 		 522 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.51 
 
 		 527 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.54 
 
 		 523 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.88 
 
 		 522 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.9 
 
 		 522 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.77 
 
 		 522 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.9 
 
 		 522 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.76 
 
 		 527 aa  497  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.19 
 
 		 526 aa  498  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  47.91 
 
 		 528 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  48.47 
 
 		 523 aa  474  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.51 
 
 		 534 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.48 
 
 		 526 aa  270  5e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.24 
 
 		 515 aa  261  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.53 
 
 		 553 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.2 
 
 		 553 aa  250  4e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.45 
 
 		 573 aa  250  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.76 
 
 		 547 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.48 
 
 		 548 aa  238  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.6 
 
 		 573 aa  238  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.05 
 
 		 547 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.78 
 
 		 556 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.84 
 
 		 556 aa  232  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  35.44 
 
 		 563 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  35.44 
 
 		 563 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  35.44 
 
 		 563 aa  230  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  34.62 
 
 		 547 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.59 
 
 		 526 aa  226  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.4 
 
 		 548 aa  225  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.99 
 
 		 556 aa  219  7e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.38 
 
 		 545 aa  219  1e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.43 
 
 		 550 aa  216  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.95 
 
 		 533 aa  208  2e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  31.34 
 
 		 549 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.43 
 
 		 573 aa  193  6e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 		 531 aa  192  1e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.27 
 
 		 578 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 		 565 aa  183  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 		 566 aa  183  7e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 		 565 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.11 
 
 		 567 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 		 572 aa  182  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.47 
 
 		 545 aa  179  9e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 		 544 aa  179  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.51 
 
 		 561 aa  179  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.7 
 
 		 561 aa  178  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 		 563 aa  177  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 		 570 aa  177  6e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.32 
 
 		 573 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 		 563 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 		 572 aa  174  5e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.06 
 
 		 539 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  27.56 
 
 		 565 aa  173  6.999999999999999e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 		 545 aa  173  6.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 		 533 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 		 533 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 		 755 aa  172  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.24 
 
 		 533 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 		 562 aa  171  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 		 574 aa  171  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.35 
 
 		 559 aa  170  5e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 		 561 aa  169  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.68 
 
 		 549 aa  169  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 		 540 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.79 
 
 		 566 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 		 539 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 		 539 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 		 539 aa  167  5e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 		 573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 		 538 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 		 572 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.09 
 
 		 536 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  28.26 
 
 		 539 aa  164  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 		 569 aa  164  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.88 
 
 		 582 aa  163  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 		 570 aa  163  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  27.86 
 
 		 558 aa  163  9e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.34 
 
 		 560 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 		 569 aa  162  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.88 
 
 		 525 aa  162  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.84 
 
 		 551 aa  160  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.42 
 
 		 570 aa  160  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 		 552 aa  160  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 534 aa  159  9e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 539 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  27.22 
 
 		 561 aa  157  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.19 
 
 		 570 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 		 539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 		 570 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.04 
 
 		 539 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.61 
 
 		 579 aa  155  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 		 539 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  27.09 
 
 		 537 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 		 581 aa  154  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>