More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2474 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.51 
 
 		 572 aa  702    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  60.98 
 
 		 565 aa  724    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.85 
 
 		 569 aa  696    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.52 
 
 		 579 aa  639    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  67.08 
 
 		 570 aa  809    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.18 
 
 		 561 aa  726    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  66.43 
 
 		 573 aa  754    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  80.71 
 
 		 567 aa  998    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.67 
 
 		 570 aa  658    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.14 
 
 		 565 aa  856    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.71 
 
 		 574 aa  654    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.37 
 
 		 561 aa  743    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  62.72 
 
 		 561 aa  741    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.56 
 
 		 582 aa  652    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.64 
 
 		 566 aa  681    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.56 
 
 		 573 aa  688    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 566 aa  1193    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.67 
 
 		 572 aa  676    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  53.12 
 
 		 558 aa  620  1e-176  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.54 
 
 		 570 aa  616  1e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.19 
 
 		 570 aa  605  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.1 
 
 		 569 aa  596  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  50.79 
 
 		 570 aa  595  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.35 
 
 		 570 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  48.09 
 
 		 573 aa  563  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.15 
 
 		 563 aa  557  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.98 
 
 		 559 aa  551  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  50.27 
 
 		 574 aa  551  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.11 
 
 		 562 aa  548  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.26 
 
 		 560 aa  535  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.79 
 
 		 563 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.5 
 
 		 578 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.73 
 
 		 550 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.79 
 
 		 565 aa  264  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  32.24 
 
 		 549 aa  256  6e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.16 
 
 		 579 aa  247  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.16 
 
 		 579 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.67 
 
 		 581 aa  243  1e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.07 
 
 		 551 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30 
 
 		 546 aa  237  4e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.47 
 
 		 584 aa  235  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.73 
 
 		 547 aa  222  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.73 
 
 		 547 aa  221  3e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.01 
 
 		 527 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.54 
 
 		 522 aa  214  2.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.39 
 
 		 546 aa  214  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  30.16 
 
 		 547 aa  214  4.9999999999999996e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  29.88 
 
 		 551 aa  213  1e-53  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.52 
 
 		 546 aa  208  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.05 
 
 		 546 aa  207  3e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.59 
 
 		 578 aa  207  5e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.12 
 
 		 522 aa  206  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  31.36 
 
 		 528 aa  201  3.9999999999999996e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.52 
 
 		 522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.1 
 
 		 528 aa  196  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.92 
 
 		 528 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.51 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.81 
 
 		 522 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.81 
 
 		 522 aa  195  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.43 
 
 		 526 aa  191  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.09 
 
 		 522 aa  189  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.54 
 
 		 522 aa  189  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 		 518 aa  183  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 		 522 aa  182  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.14 
 
 		 523 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.77 
 
 		 573 aa  172  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.96 
 
 		 553 aa  171  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  29.41 
 
 		 523 aa  169  8e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.9 
 
 		 538 aa  164  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.91 
 
 		 549 aa  163  8.000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.83 
 
 		 550 aa  162  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.99 
 
 		 534 aa  161  3e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 		 553 aa  159  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.37 
 
 		 589 aa  154  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.63 
 
 		 573 aa  154  5.9999999999999996e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.68 
 
 		 563 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 		 548 aa  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.29 
 
 		 573 aa  150  5e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 		 540 aa  150  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.43 
 
 		 539 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.26 
 
 		 536 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 544 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.83 
 
 		 561 aa  147  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.61 
 
 		 545 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.54 
 
 		 547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.06 
 
 		 547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 533 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 533 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  27.33 
 
 		 537 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.75 
 
 		 563 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  27.33 
 
 		 537 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.33 
 
 		 537 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  24.78 
 
 		 549 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  27.33 
 
 		 537 aa  139  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.37 
 
 		 563 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 533 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  25.17 
 
 		 591 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>