More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3202 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  59.65 
 
 		 528 aa  637    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.93 
 
 		 527 aa  736    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  70.44 
 
 		 523 aa  768    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.19 
 
 		 528 aa  743    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  65.38 
 
 		 528 aa  739    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.61 
 
 		 523 aa  852    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  70.88 
 
 		 522 aa  795    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.5 
 
 		 534 aa  706    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.48 
 
 		 522 aa  840    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.11 
 
 		 522 aa  795    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 		 522 aa  1088    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  82.95 
 
 		 522 aa  911    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  78.54 
 
 		 522 aa  864    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.22 
 
 		 526 aa  780    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.38 
 
 		 527 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.92 
 
 		 522 aa  797    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.11 
 
 		 522 aa  795    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.55 
 
 		 518 aa  542  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.47 
 
 		 553 aa  308  1.0000000000000001e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.29 
 
 		 553 aa  272  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.87 
 
 		 547 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.24 
 
 		 548 aa  263  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.83 
 
 		 550 aa  259  6e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.29 
 
 		 547 aa  259  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.63 
 
 		 556 aa  257  4e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  37.74 
 
 		 547 aa  256  8e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.66 
 
 		 515 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.56 
 
 		 573 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.36 
 
 		 548 aa  253  5.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.97 
 
 		 573 aa  249  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.97 
 
 		 526 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.09 
 
 		 556 aa  248  3e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.31 
 
 		 556 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.09 
 
 		 526 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.03 
 
 		 545 aa  238  1e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  36.24 
 
 		 563 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  36.24 
 
 		 563 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  36.24 
 
 		 563 aa  236  7e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.08 
 
 		 531 aa  233  7.000000000000001e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.33 
 
 		 565 aa  232  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 		 566 aa  226  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.28 
 
 		 567 aa  224  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  32.07 
 
 		 549 aa  224  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.36 
 
 		 565 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.35 
 
 		 574 aa  215  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.34 
 
 		 572 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  30.14 
 
 		 565 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 		 573 aa  211  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  29.64 
 
 		 573 aa  211  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.76 
 
 		 545 aa  210  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.67 
 
 		 570 aa  208  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.38 
 
 		 569 aa  207  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.96 
 
 		 545 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.06 
 
 		 549 aa  205  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.28 
 
 		 561 aa  205  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.23 
 
 		 561 aa  205  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.72 
 
 		 573 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.88 
 
 		 533 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.71 
 
 		 572 aa  201  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 		 563 aa  200  5e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.57 
 
 		 566 aa  200  6e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.2 
 
 		 579 aa  199  7.999999999999999e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.14 
 
 		 569 aa  199  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 		 561 aa  197  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  29.41 
 
 		 570 aa  197  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.25 
 
 		 539 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.95 
 
 		 579 aa  196  8.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 		 559 aa  196  9e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 		 563 aa  196  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.63 
 
 		 540 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  27.89 
 
 		 561 aa  194  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.51 
 
 		 539 aa  194  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.57 
 
 		 570 aa  194  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.51 
 
 		 539 aa  194  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.51 
 
 		 539 aa  194  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.43 
 
 		 578 aa  193  6e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.93 
 
 		 533 aa  192  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.07 
 
 		 536 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.37 
 
 		 755 aa  191  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  29.89 
 
 		 573 aa  189  1e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.32 
 
 		 562 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  30 
 
 		 573 aa  188  2e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.65 
 
 		 582 aa  187  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.19 
 
 		 572 aa  187  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.07 
 
 		 538 aa  186  9e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  30.02 
 
 		 539 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 		 570 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.17 
 
 		 539 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.8 
 
 		 539 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.8 
 
 		 581 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  28.3 
 
 		 573 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.81 
 
 		 539 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.98 
 
 		 539 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  29.44 
 
 		 537 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.63 
 
 		 579 aa  179  8e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  28.11 
 
 		 558 aa  179  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  27.96 
 
 		 551 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.14 
 
 		 544 aa  177  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 		 578 aa  177  4e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  29.04 
 
 		 549 aa  177  6e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>