More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2494 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.15 
 
 
570 aa  639    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.89 
 
 
561 aa  681    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.56 
 
 
573 aa  689    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  60.25 
 
 
561 aa  692    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.83 
 
 
566 aa  653    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.35 
 
 
582 aa  694    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.64 
 
 
572 aa  654    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.36 
 
 
567 aa  716    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.51 
 
 
566 aa  702    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.53 
 
 
579 aa  649    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.6 
 
 
573 aa  677    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.97 
 
 
570 aa  730    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  58.78 
 
 
565 aa  682    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.61 
 
 
561 aa  707    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
572 aa  1197    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.57 
 
 
569 aa  660    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.59 
 
 
565 aa  755    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.18 
 
 
574 aa  881    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.55 
 
 
570 aa  793    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  52.53 
 
 
570 aa  601  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  51.34 
 
 
558 aa  590  1e-167  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.75 
 
 
569 aa  591  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.49 
 
 
570 aa  587  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.26 
 
 
570 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  50.44 
 
 
573 aa  583  1.0000000000000001e-165  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.07 
 
 
563 aa  575  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  50.18 
 
 
574 aa  569  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.47 
 
 
562 aa  548  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.54 
 
 
560 aa  546  1e-154  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.2 
 
 
559 aa  523  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.35 
 
 
563 aa  500  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.77 
 
 
579 aa  273  7e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.83 
 
 
565 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.99 
 
 
579 aa  261  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.55 
 
 
578 aa  254  3e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.8 
 
 
550 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.5 
 
 
581 aa  246  9.999999999999999e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.66 
 
 
578 aa  240  4e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.54 
 
 
584 aa  235  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.36 
 
 
549 aa  231  3e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.11 
 
 
547 aa  217  5.9999999999999996e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.29 
 
 
546 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.95 
 
 
547 aa  215  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.06 
 
 
551 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.22 
 
 
546 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.47 
 
 
546 aa  206  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.47 
 
 
546 aa  205  1e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.86 
 
 
528 aa  190  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.84 
 
 
527 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  28.79 
 
 
551 aa  182  2e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.14 
 
 
522 aa  181  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.75 
 
 
527 aa  177  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.08 
 
 
522 aa  176  9e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.71 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.55 
 
 
522 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.3 
 
 
522 aa  172  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.72 
 
 
526 aa  171  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.77 
 
 
522 aa  170  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.3 
 
 
553 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.69 
 
 
573 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 
518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.9 
 
 
523 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.06 
 
 
522 aa  163  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.06 
 
 
522 aa  163  6e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.76 
 
 
528 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 
528 aa  160  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.18 
 
 
548 aa  160  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.5 
 
 
550 aa  157  6e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.73 
 
 
561 aa  156  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.42 
 
 
551 aa  153  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  31.44 
 
 
547 aa  151  3e-35  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.99 
 
 
553 aa  150  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 
556 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.63 
 
 
549 aa  147  5e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.39 
 
 
547 aa  146  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.34 
 
 
545 aa  145  2e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.31 
 
 
538 aa  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.35 
 
 
563 aa  145  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.46 
 
 
523 aa  144  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
572 aa  144  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.45 
 
 
533 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.05 
 
 
548 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.13 
 
 
544 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 
540 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.41 
 
 
547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  26.69 
 
 
573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.42 
 
 
536 aa  141  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.46 
 
 
589 aa  141  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.66 
 
 
526 aa  140  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.41 
 
 
547 aa  140  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.48 
 
 
545 aa  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.47 
 
 
552 aa  139  2e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.71 
 
 
539 aa  139  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.35 
 
 
573 aa  139  2e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
556 aa  139  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  26.96 
 
 
528 aa  137  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.43 
 
 
539 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.43 
 
 
556 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
526 aa  135  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  25.42 
 
 
591 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>