More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3542 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  86.56 
 
 
561 aa  1034    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  77.72 
 
 
572 aa  925    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
563 aa  1172    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  55.5 
 
 
573 aa  627  1e-178  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  47.59 
 
 
549 aa  483  1e-135  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.09 
 
 
553 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.87 
 
 
549 aa  229  7e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 
550 aa  223  7e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.28 
 
 
755 aa  218  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.41 
 
 
527 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.45 
 
 
528 aa  205  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.36 
 
 
528 aa  201  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.72 
 
 
553 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.82 
 
 
527 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  28.62 
 
 
534 aa  196  1e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.28 
 
 
522 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.28 
 
 
522 aa  192  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.44 
 
 
545 aa  191  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  29.44 
 
 
522 aa  192  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  30.36 
 
 
528 aa  191  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.88 
 
 
526 aa  190  5.999999999999999e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.08 
 
 
531 aa  189  9e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.81 
 
 
524 aa  188  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.51 
 
 
548 aa  188  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.8 
 
 
556 aa  188  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.16 
 
 
556 aa  187  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  28.92 
 
 
528 aa  187  5e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  28.76 
 
 
521 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.88 
 
 
522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  30.56 
 
 
547 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.38 
 
 
516 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 
534 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.81 
 
 
534 aa  183  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.45 
 
 
534 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.63 
 
 
533 aa  182  1e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2394  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 
547 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  0.0251072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.63 
 
 
522 aa  182  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.49 
 
 
526 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.11 
 
 
501 aa  178  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.46 
 
 
522 aa  177  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.51 
 
 
545 aa  176  7e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.51 
 
 
547 aa  177  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.92 
 
 
547 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.93 
 
 
518 aa  176  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.46 
 
 
523 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.37 
 
 
534 aa  175  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.59 
 
 
698 aa  175  1.9999999999999998e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 
533 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
526 aa  173  9e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.05 
 
 
538 aa  172  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.63 
 
 
512 aa  172  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 
533 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 
533 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
565 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.64 
 
 
522 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.01 
 
 
592 aa  171  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.5 
 
 
592 aa  170  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  26.83 
 
 
596 aa  170  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.98 
 
 
522 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.01 
 
 
592 aa  169  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.19 
 
 
592 aa  168  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.36 
 
 
592 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 
592 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 
592 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.74 
 
 
534 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.11 
 
 
512 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3135  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 
520 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.33 
 
 
533 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.92 
 
 
504 aa  164  3e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  29.29 
 
 
563 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  29.29 
 
 
563 aa  163  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  29.19 
 
 
549 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  29.29 
 
 
563 aa  163  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.4 
 
 
578 aa  162  1e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.44 
 
 
511 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0275  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.17 
 
 
506 aa  162  2e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0236777 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.44 
 
 
556 aa  160  5e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.49 
 
 
592 aa  159  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.07 
 
 
525 aa  157  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.63 
 
 
589 aa  158  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.87 
 
 
592 aa  157  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.17 
 
 
573 aa  157  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.31 
 
 
573 aa  157  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.89 
 
 
548 aa  156  9e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  25.59 
 
 
594 aa  156  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.63 
 
 
594 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.14 
 
 
552 aa  156  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  26.53 
 
 
558 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  26.86 
 
 
506 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.84 
 
 
515 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 
567 aa  155  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 
572 aa  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.79 
 
 
523 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.27 
 
 
534 aa  154  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.51 
 
 
578 aa  154  4e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.59 
 
 
590 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
544 aa  153  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.75 
 
 
518 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.68 
 
 
566 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
566 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>