More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_0454 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.15 
 
 
572 aa  639    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.62 
 
 
574 aa  645    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  61.12 
 
 
570 aa  744    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.51 
 
 
565 aa  651    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.32 
 
 
569 aa  784    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  54.97 
 
 
565 aa  640    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
570 aa  1202    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.37 
 
 
570 aa  828    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.62 
 
 
570 aa  790    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  64 
 
 
573 aa  761    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.26 
 
 
573 aa  633  1e-180  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.53 
 
 
572 aa  624  1e-177  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.53 
 
 
566 aa  620  1e-176  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.54 
 
 
566 aa  616  1e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.75 
 
 
567 aa  614  9.999999999999999e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.43 
 
 
570 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.41 
 
 
579 aa  601  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.05 
 
 
570 aa  600  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.8 
 
 
561 aa  600  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.89 
 
 
573 aa  595  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  50.71 
 
 
561 aa  594  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.66 
 
 
582 aa  588  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  51.06 
 
 
558 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.73 
 
 
561 aa  582  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  50 
 
 
574 aa  563  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.12 
 
 
569 aa  563  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.79 
 
 
560 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.05 
 
 
563 aa  511  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.84 
 
 
562 aa  501  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.57 
 
 
563 aa  486  1e-136  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.48 
 
 
559 aa  483  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.22 
 
 
578 aa  238  2e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.08 
 
 
579 aa  238  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  30.31 
 
 
550 aa  233  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.45 
 
 
579 aa  222  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.54 
 
 
584 aa  212  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.59 
 
 
565 aa  212  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.37 
 
 
581 aa  211  3e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.72 
 
 
546 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.27 
 
 
578 aa  207  5e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.6 
 
 
549 aa  194  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.54 
 
 
546 aa  193  7e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.21 
 
 
546 aa  187  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 
527 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.66 
 
 
523 aa  182  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.91 
 
 
546 aa  182  2e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  28.24 
 
 
547 aa  179  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.43 
 
 
547 aa  178  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  27.13 
 
 
528 aa  176  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.67 
 
 
522 aa  176  9e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.8 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  26.69 
 
 
547 aa  174  2.9999999999999996e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 
527 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.24 
 
 
551 aa  172  1e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.66 
 
 
553 aa  171  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.91 
 
 
522 aa  171  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.32 
 
 
528 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 
522 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  27.68 
 
 
522 aa  164  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.39 
 
 
522 aa  161  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.39 
 
 
522 aa  161  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
526 aa  160  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.01 
 
 
528 aa  159  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 
522 aa  156  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.21 
 
 
518 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  25.82 
 
 
551 aa  155  2e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.24 
 
 
553 aa  153  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.5 
 
 
545 aa  148  3e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.1 
 
 
523 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.75 
 
 
550 aa  143  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  26.44 
 
 
573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.7 
 
 
538 aa  142  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.93 
 
 
545 aa  138  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.07 
 
 
573 aa  138  4e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  26.93 
 
 
573 aa  137  5e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.14 
 
 
590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.57 
 
 
511 aa  134  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.4 
 
 
551 aa  133  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.96 
 
 
534 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.13 
 
 
556 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.68 
 
 
548 aa  130  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.93 
 
 
556 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.65 
 
 
614 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.49 
 
 
556 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.04 
 
 
549 aa  128  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.74 
 
 
540 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.74 
 
 
536 aa  127  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.97 
 
 
526 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.1 
 
 
589 aa  123  9e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  25.04 
 
 
539 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.81 
 
 
526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  23.96 
 
 
534 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 
533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.09 
 
 
533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25 
 
 
533 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.63 
 
 
548 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  24.09 
 
 
596 aa  117  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.82 
 
 
515 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1572  dehydrogenase subunit-like protein  24.24 
 
 
528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.849895  normal  0.707104 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.16 
 
 
547 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>