232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4202 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  58.5 
 
 
596 aa  714    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4202  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
590 aa  1229    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.494803  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.72 
 
 
592 aa  567  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4095  putative gluconate dehydrogenase  49.58 
 
 
594 aa  568  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6210  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  49.25 
 
 
594 aa  561  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.1943  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4244  putative gluconate dehydrogenase  46.15 
 
 
588 aa  552  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.659751  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2137  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.28 
 
 
593 aa  548  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4142  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.18 
 
 
592 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00267636  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3646  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.01 
 
 
592 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4224  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.18 
 
 
592 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477307  normal  0.178232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3293  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.18 
 
 
592 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.517523  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4120  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.01 
 
 
592 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1793  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.84 
 
 
592 aa  536  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345818  normal  0.124135 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.84 
 
 
592 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2503  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.61 
 
 
591 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.809457  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.37 
 
 
594 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.21 
 
 
594 aa  530  1e-149  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.21 
 
 
594 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00900  gluconate dehydrogenase flavoprotein subunit  45.08 
 
 
591 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.687718  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4639  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.88 
 
 
592 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2565  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.46 
 
 
594 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.339235  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1164  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.95 
 
 
594 aa  518  1.0000000000000001e-145  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0227  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.16 
 
 
592 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2975  gluconate dehydrogenase  44.75 
 
 
591 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299078  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35290  gluconate dehydrogenase  44.75 
 
 
591 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0685157  normal  0.495861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  45.87 
 
 
594 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3608  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.75 
 
 
589 aa  496  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0579552  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3895  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.8 
 
 
594 aa  491  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.241761 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  43.78 
 
 
591 aa  476  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  43.64 
 
 
573 aa  468  9.999999999999999e-131  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.83 
 
 
589 aa  467  9.999999999999999e-131  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  43.64 
 
 
573 aa  468  9.999999999999999e-131  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5399  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.83 
 
 
586 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.87 
 
 
586 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.3 
 
 
553 aa  229  7e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 
755 aa  207  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.31 
 
 
550 aa  199  9e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.97 
 
 
549 aa  172  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
578 aa  163  9e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.59 
 
 
561 aa  158  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.59 
 
 
563 aa  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.04 
 
 
581 aa  149  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.06 
 
 
579 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 
579 aa  148  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.65 
 
 
527 aa  144  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.36 
 
 
572 aa  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.91 
 
 
573 aa  143  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.37 
 
 
698 aa  143  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.65 
 
 
522 aa  139  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.68 
 
 
553 aa  139  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.02 
 
 
526 aa  139  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 
527 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.08 
 
 
578 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.14 
 
 
570 aa  135  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26 
 
 
570 aa  130  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 
573 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.29 
 
 
572 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.97 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  27.85 
 
 
522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.93 
 
 
584 aa  129  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.58 
 
 
569 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  26.52 
 
 
570 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.94 
 
 
572 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.65 
 
 
561 aa  128  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.63 
 
 
528 aa  128  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.75 
 
 
523 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.05 
 
 
528 aa  127  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.04 
 
 
545 aa  126  1e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  26.16 
 
 
573 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  24.83 
 
 
558 aa  125  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.7 
 
 
565 aa  125  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.58 
 
 
560 aa  123  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 
526 aa  123  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.93 
 
 
561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 
526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.63 
 
 
582 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  27.72 
 
 
549 aa  122  3e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  25.91 
 
 
561 aa  122  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.55 
 
 
570 aa  121  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 
556 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.84 
 
 
579 aa  120  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.6 
 
 
563 aa  120  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.51 
 
 
528 aa  120  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.21 
 
 
562 aa  120  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.44 
 
 
545 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.25 
 
 
559 aa  120  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
556 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.96 
 
 
515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  27.43 
 
 
563 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.48 
 
 
567 aa  118  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  27.43 
 
 
563 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.35 
 
 
522 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.37 
 
 
522 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.37 
 
 
522 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 
570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.88 
 
 
547 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01675  putative dehydrogenase oxidoreductase protein  25.69 
 
 
647 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.04 
 
 
566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.18 
 
 
522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.61 
 
 
563 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>