More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0367 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
565 aa  1177    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.66 
 
 
578 aa  514  1e-144  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.58 
 
 
579 aa  480  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.43 
 
 
578 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.33 
 
 
579 aa  466  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.64 
 
 
581 aa  462  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.74 
 
 
584 aa  451  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.38 
 
 
572 aa  311  2e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.48 
 
 
562 aa  296  9e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.55 
 
 
559 aa  289  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.43 
 
 
573 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.68 
 
 
563 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.83 
 
 
572 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.79 
 
 
566 aa  278  2e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.11 
 
 
561 aa  274  4.0000000000000004e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.79 
 
 
565 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.55 
 
 
574 aa  266  5.999999999999999e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  32.53 
 
 
561 aa  265  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.73 
 
 
579 aa  262  1e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.63 
 
 
563 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.58 
 
 
570 aa  260  5.0000000000000005e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.15 
 
 
567 aa  259  9e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.35 
 
 
561 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.41 
 
 
569 aa  252  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  34.35 
 
 
574 aa  251  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  31.96 
 
 
570 aa  251  4e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  31.81 
 
 
565 aa  250  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.69 
 
 
566 aa  249  7e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.19 
 
 
560 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.95 
 
 
570 aa  247  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  30.76 
 
 
558 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.84 
 
 
570 aa  239  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.33 
 
 
570 aa  239  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.38 
 
 
582 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  30.8 
 
 
573 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.01 
 
 
569 aa  230  6e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.86 
 
 
573 aa  228  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.28 
 
 
527 aa  227  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.59 
 
 
570 aa  226  8e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.37 
 
 
527 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.78 
 
 
522 aa  218  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  30.37 
 
 
528 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.36 
 
 
522 aa  218  2.9999999999999998e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.89 
 
 
528 aa  217  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.19 
 
 
528 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.23 
 
 
550 aa  213  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.05 
 
 
522 aa  207  4e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.05 
 
 
522 aa  207  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.85 
 
 
526 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  31.35 
 
 
522 aa  204  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.36 
 
 
523 aa  204  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  28.42 
 
 
561 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
522 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.43 
 
 
546 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.85 
 
 
546 aa  201  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.42 
 
 
551 aa  200  5e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.42 
 
 
546 aa  200  6e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  29.03 
 
 
573 aa  199  9e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.56 
 
 
522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.3 
 
 
553 aa  196  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.08 
 
 
518 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.13 
 
 
572 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.42 
 
 
549 aa  191  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.55 
 
 
545 aa  188  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.37 
 
 
522 aa  187  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.53 
 
 
546 aa  187  4e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.49 
 
 
531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.48 
 
 
563 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  29.6 
 
 
523 aa  183  6e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.3 
 
 
545 aa  183  6e-45  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.51 
 
 
553 aa  178  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  25.96 
 
 
547 aa  175  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 
538 aa  174  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 
534 aa  172  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  29.5 
 
 
547 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.25 
 
 
551 aa  172  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  25.79 
 
 
547 aa  172  2e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.72 
 
 
548 aa  171  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.96 
 
 
526 aa  167  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 
533 aa  167  5.9999999999999996e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  27.13 
 
 
551 aa  166  1.0000000000000001e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.27 
 
 
547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  27.66 
 
 
549 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  28.06 
 
 
547 aa  164  5.0000000000000005e-39  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.55 
 
 
544 aa  161  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.99 
 
 
548 aa  157  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
540 aa  157  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  27.8 
 
 
549 aa  157  6e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29 
 
 
556 aa  157  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.9 
 
 
536 aa  156  8e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.58 
 
 
515 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 
539 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  28.01 
 
 
539 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
539 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
539 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.1 
 
 
539 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.31 
 
 
662 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.86 
 
 
548 aa  153  8e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.87 
 
 
547 aa  153  8e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.38 
 
 
662 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>