More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6279 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  83.51 
 
 
563 aa  924    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.87 
 
 
548 aa  840    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  93.71 
 
 
556 aa  1048    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  78.29 
 
 
547 aa  855    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  83.51 
 
 
563 aa  924    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  77.66 
 
 
547 aa  849    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.91 
 
 
548 aa  803    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  76.74 
 
 
547 aa  839    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.74 
 
 
573 aa  818    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  97.91 
 
 
526 aa  1029    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
556 aa  1129    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.18 
 
 
573 aa  822    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  83.51 
 
 
563 aa  924    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.53 
 
 
553 aa  422  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.11 
 
 
556 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.3 
 
 
526 aa  403  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.49 
 
 
515 aa  373  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.57 
 
 
527 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.79 
 
 
527 aa  273  7e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  37.04 
 
 
528 aa  270  7e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.45 
 
 
522 aa  269  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  35.89 
 
 
528 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  36.31 
 
 
522 aa  266  5e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.92 
 
 
528 aa  265  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.21 
 
 
526 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.78 
 
 
518 aa  253  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  37.19 
 
 
522 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.09 
 
 
522 aa  247  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.86 
 
 
522 aa  242  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.86 
 
 
522 aa  242  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.09 
 
 
523 aa  239  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  36.13 
 
 
523 aa  236  6e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.29 
 
 
525 aa  236  8e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.22 
 
 
522 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.12 
 
 
522 aa  231  4e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.85 
 
 
553 aa  229  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.15 
 
 
534 aa  229  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.49 
 
 
531 aa  228  3e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  33.76 
 
 
549 aa  226  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.81 
 
 
550 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.19 
 
 
533 aa  220  6e-56  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 
545 aa  219  1e-55  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.59 
 
 
545 aa  210  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.43 
 
 
563 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.14 
 
 
544 aa  194  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.42 
 
 
561 aa  193  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.49 
 
 
572 aa  193  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  30.53 
 
 
573 aa  192  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  29.71 
 
 
539 aa  189  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.04 
 
 
539 aa  188  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.04 
 
 
539 aa  188  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.04 
 
 
539 aa  188  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.74 
 
 
536 aa  187  4e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.89 
 
 
540 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.78 
 
 
539 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.59 
 
 
538 aa  184  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.29 
 
 
539 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.61 
 
 
533 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.61 
 
 
533 aa  181  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.07 
 
 
539 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 
533 aa  178  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.93 
 
 
539 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  29.57 
 
 
551 aa  172  1e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  28.7 
 
 
549 aa  171  5e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.4 
 
 
545 aa  170  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.16 
 
 
533 aa  170  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.76 
 
 
549 aa  168  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.85 
 
 
539 aa  168  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 
534 aa  166  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.74 
 
 
511 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.17 
 
 
578 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.11 
 
 
755 aa  166  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.72 
 
 
552 aa  164  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.64 
 
 
550 aa  162  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  28 
 
 
537 aa  162  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.84 
 
 
567 aa  160  5e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  28.22 
 
 
537 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  28.22 
 
 
537 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  28.22 
 
 
537 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  28 
 
 
537 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  28 
 
 
537 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  28 
 
 
537 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  28 
 
 
537 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 
579 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3360  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.53 
 
 
545 aa  156  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0587927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 
563 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.51 
 
 
752 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.77 
 
 
573 aa  152  1e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 
572 aa  152  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.84 
 
 
581 aa  150  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 
579 aa  150  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.91 
 
 
560 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.13 
 
 
573 aa  149  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 
563 aa  148  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.05 
 
 
573 aa  147  4.0000000000000006e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  29.63 
 
 
534 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  25.67 
 
 
752 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.69 
 
 
565 aa  147  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0176  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.16 
 
 
516 aa  147  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.326869  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2015  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.17 
 
 
592 aa  146  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0874518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>