More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3645 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.68 
 
 		 573 aa  762    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.05 
 
 		 569 aa  700    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.03 
 
 		 570 aa  795    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.36 
 
 		 572 aa  716    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 567 aa  1192    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  62.5 
 
 		 561 aa  742    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.74 
 
 		 572 aa  688    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  62.14 
 
 		 561 aa  746    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  56.37 
 
 		 558 aa  658    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.06 
 
 		 574 aa  661    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.74 
 
 		 565 aa  885    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  61.79 
 
 		 561 aa  743    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  80.71 
 
 		 566 aa  998    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  62.68 
 
 		 565 aa  751    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.81 
 
 		 573 aa  698    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.56 
 
 		 566 aa  714    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  56.64 
 
 		 570 aa  657    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.89 
 
 		 582 aa  662    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.63 
 
 		 579 aa  630  1e-179  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.75 
 
 		 570 aa  614  9.999999999999999e-175  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.09 
 
 		 570 aa  606  9.999999999999999e-173  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.74 
 
 		 569 aa  596  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  50.61 
 
 		 570 aa  591  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.87 
 
 		 570 aa  587  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  47.83 
 
 		 573 aa  563  1.0000000000000001e-159  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  51.65 
 
 		 574 aa  562  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.82 
 
 		 562 aa  557  1e-157  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.93 
 
 		 560 aa  553  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50 
 
 		 559 aa  548  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.91 
 
 		 563 aa  541  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.49 
 
 		 563 aa  518  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.55 
 
 		 579 aa  265  1e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.18 
 
 		 579 aa  263  6e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  31.94 
 
 		 549 aa  258  3e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  33.33 
 
 		 578 aa  257  4e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.5 
 
 		 550 aa  257  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.15 
 
 		 565 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.22 
 
 		 581 aa  244  3.9999999999999997e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.78 
 
 		 584 aa  238  1e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.53 
 
 		 546 aa  233  8.000000000000001e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.11 
 
 		 578 aa  226  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.89 
 
 		 551 aa  224  4e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  30.3 
 
 		 546 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.5 
 
 		 547 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.32 
 
 		 547 aa  214  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.05 
 
 		 522 aa  213  7e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.12 
 
 		 546 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.6 
 
 		 546 aa  210  4e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  29.25 
 
 		 547 aa  207  6e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.25 
 
 		 527 aa  204  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.55 
 
 		 522 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  29.16 
 
 		 551 aa  196  1e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.6 
 
 		 527 aa  195  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  28.87 
 
 		 528 aa  195  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 		 528 aa  194  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  29.39 
 
 		 522 aa  193  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 		 522 aa  192  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.95 
 
 		 522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.95 
 
 		 522 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.86 
 
 		 526 aa  190  5.999999999999999e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.79 
 
 		 522 aa  189  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  29.88 
 
 		 528 aa  186  9e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.42 
 
 		 522 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.52 
 
 		 523 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.11 
 
 		 518 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.39 
 
 		 549 aa  166  1.0000000000000001e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.63 
 
 		 553 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  27.94 
 
 		 573 aa  164  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  27.27 
 
 		 523 aa  162  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.56 
 
 		 553 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.35 
 
 		 589 aa  160  7e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.69 
 
 		 550 aa  158  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 563 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.58 
 
 		 538 aa  155  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 		 556 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.23 
 
 		 556 aa  153  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.56 
 
 		 573 aa  151  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.74 
 
 		 547 aa  150  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 		 572 aa  148  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.02 
 
 		 526 aa  148  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.66 
 
 		 534 aa  147  5e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.41 
 
 		 548 aa  146  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.61 
 
 		 573 aa  146  1e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  28.29 
 
 		 563 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.71 
 
 		 561 aa  144  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.83 
 
 		 526 aa  144  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  28.29 
 
 		 563 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  28.29 
 
 		 563 aa  144  5e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.59 
 
 		 547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.53 
 
 		 548 aa  141  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  25.39 
 
 		 549 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  26.29 
 
 		 594 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.57 
 
 		 547 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  24.88 
 
 		 591 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.32 
 
 		 556 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.68 
 
 		 755 aa  137  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  26.12 
 
 		 594 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.31 
 
 		 544 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  26.37 
 
 		 594 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.6 
 
 		 594 aa  134  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>