More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0945 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.16 
 
 
522 aa  757    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  67.88 
 
 
523 aa  730    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  73.18 
 
 
522 aa  782    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  72.64 
 
 
523 aa  787    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  100 
 
 
522 aa  1094    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  71.1 
 
 
528 aa  787    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  81.61 
 
 
522 aa  922    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  69.35 
 
 
522 aa  756    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.33 
 
 
528 aa  783    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.89 
 
 
534 aa  684    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  67.33 
 
 
526 aa  719    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  70.91 
 
 
527 aa  792    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.88 
 
 
522 aa  775    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  81.61 
 
 
522 aa  922    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  81.03 
 
 
522 aa  920    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.61 
 
 
527 aa  617  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  57.14 
 
 
528 aa  599  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.84 
 
 
518 aa  538  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.08 
 
 
553 aa  297  3e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.38 
 
 
553 aa  286  5e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.47 
 
 
515 aa  259  9e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.43 
 
 
547 aa  257  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  36.82 
 
 
547 aa  257  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.76 
 
 
556 aa  256  6e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.33 
 
 
526 aa  252  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.42 
 
 
547 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.4 
 
 
548 aa  247  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.31 
 
 
556 aa  246  9e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.08 
 
 
550 aa  243  5e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.12 
 
 
526 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.17 
 
 
556 aa  240  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.59 
 
 
573 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.46 
 
 
573 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0467  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.28 
 
 
548 aa  230  6e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32 
 
 
545 aa  227  4e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  35.7 
 
 
563 aa  226  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  35.7 
 
 
563 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  35.7 
 
 
563 aa  225  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.59 
 
 
565 aa  221  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.34 
 
 
549 aa  220  6e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.4 
 
 
563 aa  218  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.38 
 
 
572 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.92 
 
 
531 aa  214  2.9999999999999995e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.34 
 
 
533 aa  211  2e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  29.42 
 
 
573 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.02 
 
 
573 aa  207  3e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.12 
 
 
566 aa  206  9e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.09 
 
 
565 aa  202  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.89 
 
 
545 aa  201  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.55 
 
 
567 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  30 
 
 
549 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  30.54 
 
 
573 aa  199  2.0000000000000003e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  30.54 
 
 
573 aa  197  3e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
566 aa  197  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.16 
 
 
545 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.12 
 
 
561 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 
572 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.38 
 
 
574 aa  193  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.44 
 
 
563 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.04 
 
 
569 aa  191  2.9999999999999997e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.39 
 
 
538 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  28.93 
 
 
551 aa  187  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  28.3 
 
 
561 aa  186  7e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.45 
 
 
755 aa  186  8e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.8 
 
 
579 aa  186  9e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
569 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  27.99 
 
 
565 aa  184  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  29.49 
 
 
570 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
570 aa  183  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  28.32 
 
 
574 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.14 
 
 
572 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  27.56 
 
 
558 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 
579 aa  181  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.81 
 
 
578 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 
561 aa  178  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.23 
 
 
573 aa  177  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.75 
 
 
561 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.55 
 
 
539 aa  176  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 
570 aa  176  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0230  putative dehydrogenase  30.24 
 
 
591 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
539 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
539 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.83 
 
 
539 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 
559 aa  172  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.19 
 
 
698 aa  171  3e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.261547  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2562  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  28.47 
 
 
594 aa  171  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0936094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2376  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  28.47 
 
 
594 aa  170  6e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.406153  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3383  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  28.3 
 
 
594 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.597308 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 
582 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.29 
 
 
570 aa  169  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33650  dehydrogenase flavoprotein subunit  28.95 
 
 
596 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.62 
 
 
540 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 
539 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 
536 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.13 
 
 
560 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.25 
 
 
539 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.53 
 
 
579 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4381  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.7 
 
 
592 aa  163  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.13 
 
 
533 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1314  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  29.32 
 
 
589 aa  163  9e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>